那麽多人對管學大臣一職垂涎三尺，有的人還因此付出了慘痛的政治代價，為什麽不顯山不露水的孫家鼐卻後來居上呢？這個曆史謎團，讓許多曆史學家深感困惑，至今還在爭論不休。
台灣作家高陽在《兩朝帝師翁同龢》一書中說：光緒皇帝“詔派孫家鼐管理京師大學堂事務，並節製各省所設學堂，此即不尋常的舉動。何以言之？學校歸禮部管理，而孫家鼐為吏部尚書；吏部掌人才之進用，而造就人才非其所能問。倘謂京師大學堂性質為變相的翰林院‘庶常館’，則掌院學士為徐桐，派他管理大學堂，方於事理為順。固然徐桐及禮部尚書許應騤皆為守舊派，不宜與聞新政；但此一出德宗意旨的決定，順利實現，至少可以證明，總署及軍機的‘後黨’，既未反對翁同龢的主張，亦未反對可視為翁同龢的替手的孫家鼐。”
這個問題說複雜，可以說很複雜；說簡單，也很簡單。我認為，主要有下麵幾條“合而為一”，起到了決定性的作用。
一是孫家鼐是帝黨、後黨惟一都能接受的人選。從《年譜》記載可知，太後和光緒皇帝一直對孫家鼐不薄：八年（1882年）二月，兼署吏部左侍郎。四月，查貢院工程，派往西陵行禮。十一月，又兼署吏部右侍郎，赴東西陵查工。十年（1884年）十月，加恩在紫禁城騎馬。慈禧太後五旬，萬壽禮成，頒賞“溫藻鬯謨”匾額一方。十五年（1889年）正月，調吏部右侍郎。光緒大婚慶典完成，賞頭品頂戴。十七年（1891年），賞禦製《勸善要言》一部。十一月，奉旨：“禮親王世鐸、慶親王奕劻、克勤郡王晉祺、大學士額勒和布、兵部尚書許庚身、刑部尚書孫毓汶，戶部尚書翁同龢、都察院左都禦史孫家鼐，均加恩在西苑門內騎馬。”十八年（1892年）十二月，充總辦萬壽慶典大臣。二十二年（1896年）三月，賞壽，賞頤和園乘坐二人肩輿。二十三年（1897年）三月，署吏部尚書。四月，盤查銀庫。九月，賞綢緞。總署認為孫家鼐“拘謹無過失，屢次變法皆身在事中，外雖委蛇而心實不怡”，推薦他，也符合太後和光緒皇帝兩個人的共同心願。