孫家鼐為人忠厚，禮賢下士，雖然對康有為的人品不怎麽欣賞，還是認為他是一個維新人才，所以，曾兩次當麵邀請他做京師大學堂總教習，並請陳熾當總辦，康有為也表示願意。
然而，康有為卻另有打算。他按照自己授意起草上報的《奏籌辦京師大學堂並擬學堂章程折》及其《京師大學堂章程》的條款，列了一份名單，把自己的親信、弟子都安排在京師大學堂各個重要位置上。孫家鼐豈能看不透他的鬼把戲？“預謀”被識破後，康有為態度上來了個大轉變，對孫家鼐采取“不合作態度”：康有為派遣梁啟超直接找孫家鼐申明：自己“誓不沾大學一差，以白其誌。”陳熾也找孫家鼐，不願意幹總辦。孫家鼐覺得張元濟思想新，熱衷西學，攻習英文，又在京師創辦了通藝學堂，就親自登門，邀請他擔任總辦。張元濟祖籍浙江海鹽，卻生長於廣東，直至14歲才回到故裏。他與康有為有著實際上的同鄉關係。張元濟對總辦一職“初頗動心，旋知所派提調除仲、柳溪外，都不相習，且多有習氣者，亦有請托而得者。濟知此事難於措手，遂投詞謝之。”麵對康梁等人的集體“拆台”，孫家鼐十分不解，但他也不好勉強，又奏請皇上：“臣前奏請以刑部主事張元濟為大學堂總辦，該主事因有總署差事，近又派有鐵路差事，且自行創立一小學，要時常前往照顧，力難兼顧，茲請另行派員。禦史李盛鐸才具開展，講求中外情勢，擬改派該禦史充大學堂總辦，伏乞聖鑒僅奏。”
七月初五（8月26日），孫家鼐奏請“派李盛鐸率領翰林院編修李家駒、庶吉士宗室壽富、記名禦史工部員外郎楊士燮，前往日本遊曆，將大學、中學、小學一切規製課程並考試之法逐條詳查，匯為日記，謄寫成書，由臣進呈禦覽，仍發交大學堂存儲，以備考察”。於是，改黃紹箕任總辦。黃紹箕因故未能到任，最後，才確定原駐德公使、工部左侍郎許景澄為總教習，餘誠格為總辦。“伏見工部侍郎許景澄學問淵通，出使外洋多年，情形熟悉，若充當教習之任，必能眾望允符。”“但係二品大員，請與臣皆不支薪水，同堂辦事”。朱祖謀、李家駒為提調，劉可毅、駱成驤等為教習。由於許景澄還未回國，總教習一職隻好由孫家鼐自己暫時兼任。