五月二十九日（7月17日），在早朝的時候，孫家鼐做了三件對促進維新大業健康發展意義深遠的重要事情。
第一件，是向光緒皇帝上了一道《請嚴禁悖書折》，對四處樹敵的康梁派予以警示。孫家鼐寫道：
臣觀康有為著述，有中西學門徑七種一書，其第六種幼學通議一條，言小學教法，深合古人學記中立教之意，最為美善；其第四種、第五種《春秋界說》、《孟子界說》，言公羊之學，及《孔子改製考》第八卷中，孔子製法稱王一篇，雜引讖緯之書，影響附會，必證實孔子改製稱王而後已。言《春秋》既作，周統遂亡，此時王者即是孔子。無論孔子至聖斷無此僭亂之心，即使後人有此推尊，亦何必以此事反複征引，教化天下乎？方今聖人在上，奮發有為，康有為必欲以衰周之事行之今時，竊恐以此為教，人人存改製之心，人人謂素王可作，是學堂之設本以教育人才，而轉以蠱惑民誌，是導天下於亂也。履霜堅冰，臣竊懼之。皇上即令臣節製各省學堂，一旦犯上作亂之人即起於學堂之中，臣何能當此重咎？臣以為康有為書中，凡有關孔子改製稱王字樣，宜明降諭旨，亟令刪除，實於風俗人心大有關係。
第二件，孫家鼐上了一道《請飭刷印〈校邠廬抗議〉頒行疏》。他說：
……臣觀馮桂芬、湯壽潛、鄭觀應三人之書，以馮桂芬《抗議》為精密。然其中有不可行者，其書板在天津廣仁堂，擬請飭下直隸總督刷印一二千部，交軍機處，再請皇上發交部院卿寺堂司各官，發到後，限十日，令堂司各官，將其書中某條可行，某條可不行，一一簽出，或各注簡明論說，由各堂官送還軍機處，擇其鑒出可行之多者，由軍機大臣進呈禦覽，請旨施行。如此，則變法宜民，出於公論，庶幾人情大順，下令如流水之源也。且堂司各官簽出論說，皇上亦可借此以考其人之識見，尤為觀人之一法。