光緒皇帝對孫家鼐的建議，一直很重視。據統計，從五月十五日，任命他擔任管學大臣以後，到八月初四日，光緒皇帝先後6次召見孫家鼐，商討國是，這在當年，是極其罕見的。
對於孫家鼐的第一條建議，光緒皇帝當天降旨：“著孫家鼐傳知康有為遵照”。後來，維新幹將、湖南巡撫陳寶箴上了一份《奏請厘定學術折》，揭發康有為“其徒和之，持之愈堅，失之愈遠，器然自命，號為康學，而民權平等之說熾矣。甚或呈其橫議，幾若不知有君臣父子之大防。”要求皇帝“飭下康有為將所著《孔子改製考》一書板本，自行銷毀”。光緒皇帝讓孫家鼐“詳細閱看”，拿出處理意見。孫家鼐並沒有借機落石下井，而是實事求是地提出了自己的建議：“康有為之為人不端，而才華尚富……願皇上采其言，而徐察其人品心術。”⑴
對於第二條建議，光緒皇帝當天下了一道諭旨：“榮祿迅即飭令刷印一千部，克日送交軍機處，毋稍遲延。”六月十四日（8月1日），又令將《校邠廬抗議》發各衙門加簽。梁啟超評論說：“皇上命群臣簽注之，蓋借此以驗臣下之才識何如，並博采眾論之意也。”事後，各部官員300多人對《校邠廬抗議》加注並予以不同程度的肯定。“戊戌收權事變”發生時，慈禧太後下令清理光緒皇帝宮中的新政檔案，對孫家鼐請發《校邠廬抗議》的舉動“深為不悅”，“聞慈諭諸大臣雲：‘不意孫家鼐亦求新若此。’”（劉聲木：《萇楚齋四筆》）
對於第三條建議，光緒皇帝當天又下了一道諭旨：“著（總署王大臣）奕劻、（禮部尚書）許應騤迅即查照辦理。”六月初二（7月20日），奕劻、許應騤上了一道《請將地安門內馬神廟空閑府第修葺作為大學堂之所折》，光緒皇帝當即批準。於是，大學堂基建工程正式上馬。試想，如果當時沒有采取“借”房辦學的“計策”，而是按照先建房、後辦學的常規創建京師大學堂，那麽，八月六日（9月21日），“戊戌收權事變”發生時，可能還是房無一間、地無一壟，大學堂能否幸存，就是個很大的問號了。