訓政消息一經傳出，徐仁錄（徐致靖的侄子，康有為的弟子）和譚嗣同、梁啟超同乘騾車前往日本使館，譚嗣同與日本參讚筆談，寫道：“梁啟超君應避死，留為大用，托君重義，使之不死。”表示自己不想躲避，“我義不應避死”。當時“譚瀏陽侃侃而談，神態堅定”。徐仁錄“與譚最投契”，認為譚“是一位言必信、行必果、重然諾、明大義的豪傑，聯袁乃知其不可為而為之”。“被捕的前一天，譚嗣同先到皮庫營看林旭”，林旭也表示不外逃。徐致靖、譚嗣同吃飯、飲酒，“譚用筷子在頭上敲了一下說：‘小侄已經預備好這個了。變法、革命，都要流血，中國就從譚某開始’”。為了防止自己連累了父親譚繼洵（湖南巡撫），他還代父親寫了一個《黜革忤逆子嗣同》的奏片。他的好友大刀王五得知譚嗣同有難，便冒著風險來到瀏陽會館，勸他早點動身：“君行我王五隨從保護，保證沒有凶險。”譚嗣同表示要以死相爭。王五知道他是個說一不二的硬漢子，就緊緊握住他的手，說：“好兄弟，請放心，君死我王五為你收屍骨。”
楊深秀住在山西聞喜會館內，麵對嚴峻局勢，卻大義凜然，於當天“獨抗疏詰問皇上被廢之故，援引古義，切陳國難，請西後撤廉歸政。”⑴兒子黻田上前勸他不要上奏，以免惹來殺身之禍，平時溫文爾雅的楊深秀，氣得連吼帶罵，將兒子趕出家門，獨自去軍機處遞送奏折。次日，即被剛毅率兵捉拿歸案。
梁啟超卻逃到天津，躲進日本駐天津領事館，化妝成日本隨員，跟隨領事鄭永昌，混上日本軍艦，前往橫濱，撿了一條性命。
八月十二日（9月27日），禦前大臣等公推慶王主持審訊康廣仁等人。第二天，剛毅卻隻身來到刑部，口宣上諭：“康廣仁、楊深秀、楊銳、林旭、譚嗣同、劉光第等大逆不道，著即處斬，派剛毅監視，步軍統領衙門派兵彈壓。”隨即，“六君子”被綁赴菜市口腰斬。