孫家鼐仰天長歎，心想：太後執政多年，權欲極重。隻要能鞏固其權勢的，她都會支持。她深知保守派雖然對其忠心耿耿，但都是繡花枕頭，沒有真才實學。她需要保守派來鞏固其絕對權威，又需要利用新人為自己幹活。過去，她肯定並支持同文館，現在，仍有可能肯定並支持京師大學堂。何況大學堂基建已經完工，《章程》已經頒布，外國教習聘任合同已經簽訂，有些人已動身來華，萬事俱備，如果廢除大學堂，必然引起連鎖反應，甚至釀成中外紛爭。太後剛剛訓政，她豈敢輕易得罪洋人？但是，這件事，事關自身利益，自己怎麽好拋頭露麵去遊說呢？
“誰能出麵擔當說客？對，讓西學總教習丁韙良去找榮祿，這可是一步妙棋！”榮祿現在是太後的紅人，而且，相對比較，他也比較務實，對外交事務頗有研究。隻要是洋人當麵提出聘任合同不能撕毀等要求，相信他會去找太後商議的。
想到這裏，孫家鼐緊皺的眉頭慢慢舒展開來，抬腳就要下山。他坐過的地方，已留下了五六個煙蒂。王大個子忙喊：“老爺，是回府嗎？”孫家鼐頭也不回地答道：“去同文館，找丁冠西。”
八月十一日（9月26日），也就是“戊戌事變”後的第五天，慈禧太後在諭旨中指出：“大學堂為培植人才之地，除京師及各省會業已次第興辦外，其各府州縣議設之小學堂，著該地方察酌情形聽民自便。”一言九鼎，大學堂劫後餘生，得以幸存。孫家鼐的努力，終於見了效。十月二十三日（12月6日），《國聞報》刊出了《北京大學堂述聞》，報道說：“北京塵天糞地之中，所留一線光明，獨有大學堂一舉而已。”
對此，丁韙良在《北京圍城》中也做了回憶。他說，自己前去拜見榮祿，提醒他：“查禁大學堂，將會在外國人麵前丟麵子。”在晚清最高當局看來，留下大學堂，既可裝點門麵，又可平衡權力，且不威脅其統治，因而也就沒必要趕盡殺絕。