從八月十三日（9月28日）到八月十六日（10月1日），光緒皇帝天天在西苑純一齋伺候太後看戲。雖然，慈禧組織了幾次對光緒皇帝的“審訊”，以徹底折殺皇上在大臣麵前的威嚴，並令其繼續在瀛台涵元殿居住，實際上是關禁閉讓其反省。除了下令捉拿康氏兄弟、將宋伯魯革職之外，並沒有廢除新政的舉動。但是，袁世凱的“交代”和隨後的追查，加上頑固派的挑撥，使慈禧感到了問題的嚴重性，因此，才不斷加大了迫害力度，以至於軟禁光緒皇帝、萌生廢立念頭。據史學家茅建海考證，直到八月二十三日（10月8日），慈禧才開始正式軟禁光緒皇帝。