十月初三（11月16日），慈禧再次頒布懿旨：“泰西各國風俗政令與中國雖有不同，而兵、農、工、商諸務，類能力、致富強，確有明效。苟能擇善舉辦，自可日起有功等因。欽此。”
十月初九（11月22日），內務府將京師大學堂校園正式移交孫家鼐，校園南北六十丈，東西四十丈，共計修複、新建房舍四百餘間。從當時的《北華捷報》的報道看，除原有的公主樓外，還新建了近代教學樓。學生宿舍能容住200多人；交工當天，孫家鼐迅速指派辦事人員進駐校園，並四處發布招生廣告：“凡願入堂肄業者，報名納卷，甄別取去……當先擇人品純正文理優長者，錄取入堂，以廣造就”。
在《奏大學堂開辦情形》中，孫家鼐又理論聯係實際，對慈禧十月初三的懿旨做了巧妙解讀，藉他人酒杯，澆心中壘塊。他說：“臣維大學堂之設，所以陶鑄群材，博通萬裏，以禮儀植其根底，以幹濟廣其才尤。中國以禮教為建邦之本，綱常名義萬古常新；而因時製宜，一切格致之書，專門之學，則又宜博采泰西所長，以翊成富強之業。恭讀八月十一日上諭，……又恭讀本月初三懿旨，……尤見睿慮周詳，勤求治理，無遠不周。逖聽之餘，同思興起。臣維泰西各國兵、農、工、商，所以確有明效者，以兵、農、工、商皆出自學堂。兵知學，則能知形勢，守紀律；農知學，則能相土宜，辨物種；工知學，則能通格致，精製造；商知學，則能識盈虛，綜名實。其事皆士大夫所宜講求，而為近日切要之務。”從而為保護京師大學堂奠定了更為紮實的理論基礎。
醫學堂是京師大學堂各係中最早開課的。十月二十一日（12月4日），《北華捷報》做了具體報道：“大學堂的醫學係已經開辦，設在位於琉璃廠的一家醫院裏，一名西教習正在那兒進行日常授課。據我們所知，他是醫學係所設七個教席中目前惟一集主任、教員、教授於一身的人。據說語言係將在農曆十月十五日（11月28日）開學。然而，鑒於以前幾次定下日期均未兌現，最近定下的這個日期是否能夠實現仍很難說。”這裏所說的醫學教習，就是原同文館解剖學教習滿樂道。