十二月六日（1899年1月16日），《北華捷報》終於報道了人們期盼已久的消息：“新的京師大學堂已於上月31日正式開學。”次日，位於上海的《申報》也做了相關報道：“京師大學堂原擬收學生二百名，嗣後齋舍不敷，先傳一百六十名，計仕學院許文勳等三十名，中學生趙中璿等六十名，小學生朱文焯等七十名，限於十一月十八日到堂，十九日開學。其餘考取者作為外班，俟將來額缺時添傳。”並全文轉載了京師大學堂的有關告示：
茲照錄總辦告示曰：為傳到事，前經出爾，本學堂學生齋舍按照定章員額尚不敷。觜將例應住堂各學生分作三項，核定名數。計仕學院學生三十名，中學生六十名，小學生七十名。除照章報名入仕學院之學生十二名，由本學堂另行知會外，其餘各生姓名具六其左，仰該生等於十八日到堂，十九日開學。如有不願住堂者，限於十八日以前報明；如屆期不報，立即扣除，以便續傳足數。切切勿違。特示。
孫家鼐親力親為，開拓創新，毅然舍棄悠久卻已經腐朽的中國教育體製，麵向世界，順應時代的潮流，創辦京師大學堂。“作為大學堂的首辦者，這位晚清的大教育家與京師大學堂的首任管學大臣，對晚清的教育作出了不可替代的貢獻，其辦學主張也有值得我們學習之處。”⑶
關於京師大學堂本部的開學儀式，十二月二十六日（2月6日）的《北華捷報》也作了較為翔實的報道：
京師大學堂於兩星期前舉行了隆重的開學儀式。除了該校的西教習之外，沒有其他外國人參加這個開學儀式。
京師的傳教士們，或至少是其中的一部分人，對此表示相當憤慨，因為西教習們在開學典禮上對著孔子的靈位脫帽和鞠躬敬禮。他們認為此舉表示西教習們跟他們的中國同事們一樣崇拜孔子。有人說，盡管西教習們的本意並非崇拜，但本地的中國人卻肯定會這樣理解。