從1898年7月接受任命，到1999年7月因反對廢立逆流而主動要求病休，孫家鼐隻在京師大學堂管學大臣的位置上幹了一整年。1900年6月，由於義和團運動興起，盲目排外勢力猖獗，京師大學堂一度被迫關門，並先後遭到義和團團民、清兵和八國聯軍的反複洗劫，損失慘重。直到光緒二十七年十二月一日（1902年1月10日），清廷才指派張百熙為管學大臣，恢複京師大學堂，京師大學堂進入了新的發展時期。因為孫家鼐上任是在戊戌年，所以，史稱孫家鼐時期的京師大學堂為“戊戌學製”；1902年為農曆壬寅年，所以，史稱張百熙時期的京師大學堂為“壬寅學製”。戊戌年大學堂盡管沒能培養出傑出的畢業生，但作為中國第一所強調科學和外語知識、中西學並重的新式綜合性大學，它卻為壬寅年大學堂乃至以後的中國高等教育樹立了一個良好榜樣，並打下了堅實的基礎。吃水莫忘掘井人。孫家鼐的開山之功、護校之勳應該永載史冊、萬古流芳。
現在，北京大學的校史陳列館內，關於孫家鼐的內容很少，分量也很低，這是非常令人遺憾的。我希望在不久的將來，北京大學至少應給孫家鼐塑銅像、開辟陳列室，以緬懷“近世師表”、首任校長的曆史性貢獻。
對於當年的破冰之旅的艱辛程度，丁韙良感同身受，終生不忘。1907年，他在《中國之覺醒》中回憶說：
1898年，年輕的皇帝從甲午戰爭的慘敗中吸取了教訓，決心對中國的教育製度進行徹底的改革。西方的科學知識隻限於讓少數使館翻譯和隨員去了解是絕對不行的。必須讓清王朝第一流的學者也有機會接觸那個能增強國力的源泉。於是，便以五百萬兩銀子為基金創辦了一所大學，本書作者被皇帝下諭令任命為該大學的校長，並被賜予清朝九品官銜中的第二品頂戴。