水利是農業的命脈、民生的保障。乾隆為了發展農業，安定民生，在大力勸墾田地的同時，對於各地水利工程的興修，其態度也是相當積極的。他即位之後不久，便極為重視江南水利、浙江海塘工程和直隸水道疏浚等重要水利工程的查勘和興修。乾隆針對前朝江南各地水利工程修建草率、不計久遠、“圩岸不無坍頹，沙泥不無淤積”的問題，乾隆皇帝認為“與其歲久浚築，事難費倍，不若逐年疏茸，事易費省”。為此，他要求江南各地官員“各於所屬境內相視河流淺阻，每歲農隙，募夫挑挖，定為章程，逐年舉行”。為了全麵規劃當地水利興修並防止當地官員“視為具文，玩誤工作及陽奉陰違”,乾隆皇帝專撥庫帑一百萬兩，並派遣大理寺卿汪瀣等人前往經理督辦。在汪瀣和當地官員的共同主持下，乾隆三年至乾隆六年(1738—
1741),江蘇、安徽和河南三省的各條水道得到了一番普遍的疏浚和治理。除此之外，還在各州、縣修建陂塘溝渠、圩埂土壩近百處。
對於江浙兩省杭、嘉、湖、蘇、鬆、常、鎮七府沿海海塘的修建和保護，乾隆皇帝也極為重視。乾隆初年，他先後派遣稽曾筠、劉統勳、訥親等重臣前往該地，查勘或主持該地修建石塘的活動。乾隆六年，他還專撥帑銀九十餘萬兩，修建了從海寧到仁和長達四千二百餘丈的海塘工程。
同時，對於直隸各地水道的疏浚，乾隆皇帝也非常注意。他說：“直隸河道水利關係重大，若但為目前補救之計而不籌及久遠，恐於運道民生終無裨益。”因此，從乾隆二年(1737)開始，他先後派遣重臣鄂爾泰、訥親、高斌、京畿水利圖卷(局部)孫嘉淦、劉與義等人查勘直隸水利，並以治理永定河為中心，開展了規模較大的興修直隸水利活動。在這一活動取得一定成就之後，從乾隆九年(1744)開始，又將治理永定河的範圍擴大到了它的上遊山西省境內的桑幹河，在大同附近的桑幹河南北兩岸各開支渠一道，不但澆溉了桑幹河兩岸的大片土地，也大大減弱了下遊的水勢。