大金川戰爭剛剛結束後不久，西藏形勢又緊張起來。於是，乾隆皇帝又把注意力轉向了西南邊疆。
乾隆初年，主持西藏行政事務的是西藏貴族頗羅鼐。康熙、雍正兩朝統治時期，在反對準噶爾入侵與平定西藏地方勢力反清叛亂的曆次戰爭中，頗羅鼐累建功勳，因此而受到清朝中央政府的賞識和器重，先後由一般的紮薩克台吉提拔為主持西藏行政事務的貝子、貝勒、多羅貝勒。乾隆四年，乾隆皇帝又以他“遵奉諭旨，敬信黃教，振興經典，練兵防卡，甚屬黽勉”,而將其晉封為郡王。
頗羅鼐在當政期間，依靠清朝駐藏大臣，團結以達賴喇嘛為首的廣大僧俗人士，共同抵禦準噶爾分裂勢力的侵擾，在一個較長時期中，西藏地區出現了比較安定的局麵。為了酬答頗羅鼐為維護國家統一所做出的貢獻，乾隆
十一年(1746),乾隆皇帝特準封頗羅鼐一子為長子，“日後襲爵，總理彼處事務”。乾隆十二年(1747)二月，頗羅鼐病故，乾隆皇帝又賜銀一千兩料理後事，並派大臣索拜前往祭奠。作為一個對維護祖國統一做出過卓越貢獻的藏族民族英雄，頗羅鼐將永遠值得後人懷念。
頗羅鼐死後，頗羅鼐次子珠爾墨特那木紮勒襲封郡王，主持全藏行政事務。因為他是以次子襲封王位，便把自己的兄長、主持阿裏克地區事務的珠爾墨特策布登視為眼中釘、肉中刺，有必欲除之而後快之意。
為此，他先後多次向駐藏大臣誣告其兄欲圖殺害他所補放的官員，搶奪商賈財物，“用兵把守通藏道路，聲言欲來西藏”。為了維持西藏地區的安定局麵，乾隆皇帝頒布諭旨各加訓斥，責令其兄弟和好。對此，珠爾暈特那木紮勒非但不痛改前非，反而恩將仇報，遷怒於駐藏大臣和駐藏官軍，將其視為自己獨霸西藏的主要障礙。乾隆十四年(1749)年初，駐藏大臣紀山赴拉薩上任，珠爾墨特那木紮勒倨傲不恭，“直至一月後始出見，頗有輕忽之意”;此後，又對駐藏大臣的活動嚴加監視，“廣布私人，凡駐藏大臣一舉動，輒偵邏之”,甚至還提出撤出駐藏官軍的無理要求。與此同時，他還采取陰謀手段，遣人刺殺其兄，詭稱其病死，以欺騙朝廷。對於反對他的這些倒行逆施行為的宗教界領袖達賴喇嘛和班第達等行政官員，不是懷恨在心，就是伺機報複，“誣捕抄沒，分給親愛之人”,以至“頗羅鼐所用舊人，殺害、抄沒、黜革者甚多”;“藏中有異己者，將盡逐之，勢且延及達賴喇嘛，為雄長一方之計”。因此，從他襲封郡王之後，西藏地方政權和清朝中央政府之間的關係日趨緊張，一場武裝叛亂正在醞釀之中。