久久沉浸於無限悲憤與憂傷之中的光緒帝，至光緒三十四年十月二十日(1908年11月13日),在西太後患病之後他也“疾甚”,於次日(11月14日),光緒帝便飲恨逝於瀛台涵元殿，終年(虛齡)三十八歲。時隔二十小時，清王朝在實際上的最高當權者、統治中國將近半個世紀的“女皇”西太後，也相繼病死。
由於“宮掖事秘”,對於光緒帝的神秘之死，從事發起即連宮內的一些大臣也“莫知其詳”。因而死後，就對光緒帝的死因眾說不一，成為晚清史的又一大疑案。
前些年，中國從事醫學、醫藥學研究工作的同誌，據中國第一曆史檔案館收藏的光緒帝臨終前之脈案、藥方等原件的驗證與研究，確認光緒帝“死於結核病”。
當然，就這一新的研究角度而言，是值得歡迎的。但在封建專製時代的宮廷，脈案及藥方，並不都是禦醫對患者診治的真實記錄。
據在當時給光緒帝治病的醫師記述，他患有“遺泄(即遺精)”,“頭痛(神經衰弱等)”、“發熱”、“脊骨痛”、“無胃口(無食欲)”、“癆症(結核)”等多種疾病。
另在其他有關資料中，也有關於光緒帝患“虛癆”等記載。因此認為光緒帝身患“結核病”,當是無誤的。
但從光緒帝臨終前的脈案來看，卻沒有結核病惡化的症狀。所以，僅據清宮的脈案、藥方，還難以揭示光緒帝的真實病情，更不能探明與此相關的內幕。
據記載，在西太後患病期間，十月初二日(10月26日),光緒帝接見日使伊集院彥吉於勤政殿；十月初六日(10月30日),賜達賴宴於紫光閣；十月初十日(11月3日)西太後壽辰，光緒帝又親“率百官晨賀太後萬歲壽”。也在當日“突傳聖(光緒帝)躬不豫”,但“入診者僉雲六脈平和無病也。”
另據《清宮瑣記》載，太(禦)醫周景濂亦日，初“帝無大症，諸臣皆以平和劑進之”。再參照此間光緒帝的活動情況，可見他即使發病，但其病情也不會嚴重，何況光緒帝患的均為慢性病。不過，從此之後，光緒帝的病，卻引起西太後的格外關注。