建武六年(公元30)六月，劉秀因為官府、官吏太多，實行精簡政體頒布詔書說：“夫張官置吏，所以為人也。今百姓遭難，戶口耗少，而縣官吏職所置尚繁，其令司隸、州牧各實所部，省減吏員。縣國不足置長吏可並合者，上大司徒、大司空二府。”大意是講，設置官吏，就是要讓人民更好地生活；現今老百姓蒙受劫難，戶口已經大為減少，而縣級官吏設置仍然很多，司隸與各州牧認真核查所屬各縣，精簡機構，裁減人員；凡不足設置長吏可以合並的縣與侯國，上報大司徒、大司空二府審批。
史載，建武六年詔令實施的結果，"並省四百餘縣，吏職減損，十置其一”。這樣一來，縣級行政機構的數目與當時民戶人口的比例，基本才相適應。
除了對縣一級的合並裁減外，又有對郡、州的省並。據《後漢書·光武帝紀》所載，這類省並就有“建武十年(公元34),省定襄郡；十一年，省朔方牧，並並州；十二年，省金城郡(後又複置);十三年，省並西漢九國，即廣平屬巨鹿，真定屬常山，河間屬信都，城陽屬琅邪，泗水屬廣陵，淄川屬高密，膠東屬北海，六安屬廬江，廣陽屬上穀；二十年，省五原郡。除了這些以外另還有其他簡政舉措，如建武六年采納朱浮建言，簡化牧守代易手續，十一年省大司徒司直官”等。
當然，在省並官府、簡化吏事的同時，根據管理的實際需要，光武朝也新設置了一些官職，如建武九年(公元33),初置青巾左校尉官(後改為越騎校尉)。亦有省罷、複置兼行者，如仍在建武九年，省關都尉，複置護羌校尉官。不過在那個時候，簡政是絕對的主流，而新設置的官，因為數目微乎其微完全可以忽略不計。
劉秀還在經濟政策方麵加以改革，特別是在減輕田租方麵。建武六年