努爾哈赤攻占鐵嶺時，消滅軍士四千餘人，並在城鄉擄殺平民萬餘人。努爾哈赤打到現在可以說是躊躇滿誌，正準備進行擴大戰果的時候，形勢又發生了急劇變化，這是因為明朝遼東，經略熊廷弼來到遼陽。
熊廷弼的到來，使後金汗進取遼沈計劃遇到了困難。努爾哈赤召集諸貝勒大臣及李永芳等人，會議進取方略。據熊廷弼獲明生員降順後金並為其諜工的賈朝輔，同年八月的供詞稱：
本月初十日，降主會集諸部各頭目及李永芳等，問此番攻取何先?或日當先遼陽，傾其根本；或曰當先沈陽，潰其藩籬；或曰熊經略已到，彼必有備，當先北關，去其內患。降主曰：“遼巴敗壞是此，熊一人雖好，如何急忙整頓兵馬得來!”李永芳曰：“凡事隻在一人，如憨一人好，事事都好。”降主曰：“說得是。我意亦欲先取北關，免我內顧。將來好用全力去攻遼、沈。”
上述供詞中的降主，即努爾哈赤。熊廷弼經略遼東，打亂了努爾哈赤擬定的進軍日程表。他根據遼東局勢的變化，重新做了部署。北取葉赫，西撫蒙古，等待時機，攻取遼、沈。
楊鎬喪師，明廷於三月二十三日起用熊廷弼立慰遼東。明朝三路喪師，遼東告警。吏部尚書趙煥率領廷臣詣文華門，具公疏跪請萬曆帝召見群臣，共議遼東戰守長策。至暮，始遣中官以帝疾諭之退。趙煥等再流趨萬曆帝禦文華殿聽政，疏言：
他日薊門**，敵人叩閽，陛下能高枕深宮，稱疾謝卻之乎?
於是，明廷在群臣促議之下，終於起用原任禦史熊廷弼為大理寺丞兼河南道禦史，宣慰遼東。
熊廷弼，字飛百，江夏(今武昌)人，萬曆二十六年(1598)進士，後任禦史。他身高七尺，雷厲風行，能左右射，有膽知兵，剛直不阿，嚴明有聲。萬曆三十六年(1608)巡按遼東。他在巡行金州路上，有一個同城隍神作鬥爭的故事："歲大旱，廷弼行部金州，禱城隍神，約七日雨，不雨毀其廟。及至廣寧，逾三日，大書白牌，封劍，使往斬之。未至，風雷大作，雨如注，遼人以為神。"這個傳說活靈活現地反映出熊廷弼敢於鬥爭的無畏精神。時巡撫趙揖、總兵李成梁放棄寬奠八百裏給建州，並將六萬民戶焚舍內徒。熊不畏權責炙炎，疏劾二人罪狀。他在遼數年，杜魄遺，核軍實，按劾將吏，不事姑息，風紀大振。後黨爭案起，熊廷弼回籍聽勘。