順治十七年(1660)年底，正值新年即將來臨之際，玄燁的父親順治皇帝突然染上了天花，這在宮內引起了極大震動。頓時，節日的氣氛全無，宮中剛掛上的門神、對聯、彩燈、彩帶都被撤去了，禮部奉旨宣布免去一年一度的元旦大朝慶賀禮，早已做好準備進宮參加元旦盛宴的大臣們聞訊忐忑不安。正月初四日，朝廷正式向文武大臣宣布皇帝患病，傳諭全國“毋炒豆、毋點燈、毋潑水”,下令京城內除十惡死罪外，其餘死罪及各類罪犯悉行釋放，以祈求皇帝康複。
二十四歲的順治皇帝病臥養心殿，自知危在旦夕，思慮萬千，憂心忡忡。因為膝下的幾個兒子都還年幼，究竟選擇誰來繼任?又選誰來輔佐?這對於幼帝和平而穩定的度過輔政到親政的交替時期，無疑是有決定性作用的，直接關係著清朝統治的安危。
鑒於漢族嫡長子繼位已被太祖努爾哈赤所否定，於是順治吸取了漢族皇位傳子製與滿族君主推選製的特點，憑借自己所處的至尊地位，創立了由皇帝從眾皇子中選擇繼承人的建儲製度，這一建儲製度後來成為大清王朝的定製。玄燁繼位就是這一建儲製度的首次實踐。
選定皇位繼承人，同皇子生母在皇帝心目中的地位有著十分重要的關係。順治皇帝的第一位皇後博爾濟吉特氏，是蒙古科爾沁卓禮克圖親王吳克善的女兒，孝莊文皇後的侄女。順治八年，博爾濟吉特氏被冊為皇後。博氏容貌佳麗，又極巧慧，但是她生活極其奢侈，而且嫉妒心極重，“見貌少妍者即憎惡，欲置之死”。因此，順治皇帝以秉承孝莊皇太後的“慈命”為借口，毅然廢了皇後，將博氏降為靜妃，改居側室。順治十一年(1654),順治皇帝娶孝莊的侄孫女、科爾沁貝勒卓爾濟之女為第二位皇後，第二位皇後雖“秉性淳樸”,但“又乏長才”,順治同她也很疏遠。至於玄燁的生母佟氏，也未能得到順治的寵愛。當時，最受順治寵愛的是滿洲世族內大臣董鄂碩的女兒董鄂妃。董氏十八歲嫁給順治，先後被立為賢妃、皇貴妃。董妃“雖未經後名，實後職也”。順治十七年(1660),董妃不幸早逝，順治痛不欲生，立即追封董妃為皇後，加諡“孝獻”,輟朝五日，“喪葬典禮，過從優厚”,又自撰《董妃行狀》數千言，以寄哀思。董妃隻生一子，排行第四，很得順治的寵愛，據說，順治指定董妃之子為未來的皇太子，不料董妃之子命短，僅三個月就夭折了。順治還特封他為榮親王，並按親王禮儀埋葬。