康熙二十五年(1686)九月二十五日，俄國使團先遣信使至京城。康熙皇帝以雅克薩戰爭勝利者的身份同沙皇進行和平談判。二十七日，在午門呈遞沙皇致康熙皇帝書。書中表示接受清政府建議舉行邊界問題談判。要求清政府停止圍攻雅克薩，待戈洛文使團到達，即開始談判。次日，康熙皇帝允其所請，下令解除對雅克薩的包圍；令曉諭城內俄國人，自由出入，但不得妄行掠奪；令薩布素等撤回雅克薩之兵，聚集一處，近戰艦立營。同年冬，薩布素接到撤圍命令，立即執行，同時保持著高度警惕。待雅克薩俄軍彈盡糧絕、束手待斃時，康熙主動單方麵撤軍。但俄方在得悉清政府已停戰撤軍後，又增兵雅克薩，到康熙二十七年(1688)秋，雅克薩俄軍又增到三百多人。
康熙皇帝預見即將開始的談判，仍將是一場長期而又艱巨的鬥爭，為克服將領中日益滋長的麻痹思想，於康熙二十六年(1687)十月二十四日再次強調積儲糧食永戍黑龍江的重大意義。他諭兵部尚書鄂爾多等說：“俄羅斯漸次入犯，占據我達斡爾、索倫等處，擾害邊境四十餘年，未經安輯。後備足軍食，永戍黑龍江，以困逼之，俄羅斯遂窘迫至極，才屢次求和。今俄國已遣使來談判，但尚未到達。若我糧食儲備不足，或不知節儉，以至軍儲罄盡，不得已撤兵，則俄國人必然卷土重來，盤踞其地，是俄羅斯為主兵，而我反為客兵。唯有多儲糧食，永戍官兵，則我兵得逸，而俄羅斯兵為勞。如此，則俄羅斯輕兵來犯，斷所不能；欲大隊侵入，則其糧食無法挽運。反之，若黑龍江我兵不行永戍，則自鬆花江、黑龍江以外，所居民人將皆非我有。你們要殫心竭慮，務期為久遠充裕至計，詳加籌議，唯此一舉。”
康熙皇帝主動撤軍，本意在促成兩國早日實現和談。豈知俄使竟因解除對雅克薩被圍俄軍的擔心，反而對和談采取了消極拖延的態度。俄使費多爾·阿列克謝耶維奇·戈洛文(舊譯費耀多羅)率龐大使團及兩千餘名軍隊，於康熙二十五年(1686)正月從莫斯科出發，次年春，當得到清政府主動停戰撤軍的消息後則不再急於往京城談判，於八月到達貝加爾湖東岸的烏的柏興(今俄羅斯烏蘭烏德)之後，就在貝加爾湖以東地區停留了近兩年之久，主要忙於鎮壓蒙古各部人民的抗俄鬥爭，而不與清政府聯係和談事宜。