噶爾丹借口追喀爾喀勢力不斷南侵。康熙皇帝屢遣大臣對噶爾丹做了大量的和解工作；他一再向噶爾丹重申清廷收納土謝圖汗和哲卜尊丹巴的情由，並要達賴喇嘛派出一位有名望的大喇嘛同清廷大臣一道，前往噶爾丹處，勸導噶爾丹同喀爾喀“盡釋前怨，仍前協和，各守地方，休兵罷戰”。
噶爾丹一方麵裝出忠順於清廷的樣子，對清廷使臣“待之有加禮，殊為恭順”,並反複聲稱“我並無自外於中華皇帝”;另一方麵，卻對待康熙皇帝處理他與喀爾喀之間的矛盾所采取的和解政策，始終堅持對抗的態度。喀爾喀及其首領已內附清廷，必欲用武力徹底摧垮喀爾喀，要挾清廷奉送土謝圖汗與澤(哲)卜尊丹巴給他。噶爾丹曾對達賴喇嘛的使人說：“我若與土謝圖汗講和，則吾弟多爾濟劄卜之命，其誰償之，我盡力征討五六年，必滅喀爾喀，必擒澤(哲)卜尊丹巴”。由此可見，噶爾丹的狂妄行為，是得到西藏第巴支持的。
康熙二十八年(1689)十二月，前來清廷的西藏貢使善巴陵堪卜臨行時，第巴囑咐他說“達賴喇嘛令奏聖上，但擒土謝圖汗、澤(哲)卜尊丹巴胡土克圖畀噶爾丹，則有利於生靈，此兩人身命我當保之”。更何況噶爾丹想乘清廷與沙俄衝突之際，借沙俄力量同清廷抗衡。從康熙十三年(1674)到康熙二十二年(1683)間，噶爾丹幾乎每年都派人到俄國，企圖同俄國訂立軍事同盟和求得俄國給予軍隊和槍炮的援助。而噶爾丹對喀爾喀蒙古的進攻，就有大批俄國軍隊帶著大量火器火炮協同他作戰。
康熙二十九年(1690),即尼布楚條約簽訂的第二年，噶爾丹密派達爾罕宰桑為使者，帶著他的信件去見伊爾庫茨克總督吉斯良斯基和戈洛文，信中提到要求戈洛文率領俄軍馳赴約定地點會合，以便並肩作戰，繼續進攻土謝圖汗的軍隊。而戈洛文給噶爾丹的複信中則保證以俄國軍隊的相應行動支持厄魯特部對土謝圖汗的進攻，並派基比列夫隨達爾罕宰桑返回會見噶爾丹，繼續就可能共同出兵對付土謝圖汗及其支持者一事進行談判。