噶爾丹經過兩次慘敗，精銳喪盡，牲畜財產所剩無幾。他的根據地伊犁早被其侄兒策妄阿拉布坦所占據，阿爾泰山西堵部、天山南路的回部、青海、哈薩克等地都先後擺脫了他的控製。他想西歸伊犁，又怕被策妄阿拉布坦吞沒；欲南投西藏，路途太遠；北赴俄羅斯，又擔心沙俄不敢接納，於是隻好在塔米爾河流竄。
與此同時，噶爾丹遣人收集丹津阿拉布坦、丹濟拉、丹津鄂木多和伊拉克三胡土克圖等各部屬，約有五千餘人，他們馬駝不多，牛羊甚少，又大都沒有廬帳。噶爾丹打算由翁金前往哈密，如果哈密如前和好，得以資助糧食，暫渡困難；倘若哈密與之反臉，“即攻而取之，以為根基”。當時，丹津阿拉布坦、丹津鄂木多、伊拉克三胡土克圖等從噶爾丹下分離出去，自找遊牧地。丹濟拉則率領部屬赴翁金，去劫奪清軍儲備在那裏的軍糧。
其實，康熙皇帝早就預料到厄魯特會來翁金劫糧，已預先通知該地駐軍將軍糧燒了。丹濟拉撲了個空，並且遭到清副都統祖良璧部的猛擊，丟棄馬匹衣服，潰敗逃回。這時，噶爾丹部屬“食盡衣單，漸及寒冬，勢在必亡”,不得已，將往哈密。繼而偵悉清軍在嘉峪關外設有哨所，噶爾丹不敢貿然前往。
噶爾丹的處境越來越困難。其所屬部眾從者“或近千人，或數百人，皆老羸”。他們十分窮困，除為數不多的馬駝外，並無牛羊，大都依靠捕獸為食，捕不到獸，以殺馬駝為食，甚至掘草根充饑。因為“食用缺乏，天時寒冽，潰散逃亡及凍餓而死者甚多，又火藥軍器遺亡殆盡”。
於是，厄魯特諸台吉紛紛離棄，各去自謀生計，尤其是向清軍投降的人也越來越多，不但青海諸台吉俱降，而且追隨噶爾丹的台吉、寨桑等也不斷歸附清朝。康熙三十五年(1696)九月，向噶爾丹納貢的西賴古爾黃番、黑番人等及噶爾丹所遣督催番人貢物之厄魯特達爾罕寨桑卜爾奇等共七千四百餘名，傾心投順清廷。同年十一月，厄魯特布達裏、塞桑諾爾布等也都先後歸附。