康熙皇帝征討噶爾丹所取得的勝利，是具有深遠意義的。它掃除了漠北、西北地區一大不安定因素，穩定了那裏的社會秩序，在不同程度上加強了清廷對喀爾喀蒙古、厄魯特蒙古的統一管轄。尤為重要的是其鞏固邊防、對外反侵略的意義。沙俄侵略勢力對我國蒙古族居住地區的侵略，寄希望於噶爾丹的配合。康熙皇帝為了保衛中國領土的安全和完整，不僅除掉了噶爾丹，而且進一步團結眾蒙古，築成一道抗擊沙俄南侵的鐵壁銅牆。如他所雲“本朝不設邊防，以蒙古部落為屏藩耳”。
康熙皇帝對蒙古各部采取“亂則聲討，治則撫綏”“宣威蒙古，並令歸心”的方針，在其祖父太宗皇太極統一漠南蒙古基礎上又統一漠北喀爾喀蒙古，並部分統一漠西厄魯特蒙古，隻有準噶爾部策妄阿拉布坦仍保持朝貢關係。他為了對蒙古各部(包括內蒙)進行有效的管轄與治理，采取了一係列措施。包括推行旗盟製度、建立法律製度、設立台、站巡邊製度等，尤其是確定“興黃教以安眾蒙古”的國策以及與蒙古上層世代聯姻的政策。
“興黃教以安眾蒙古”是清廷既定的國策。這項政策由客觀實際情況所決定。明萬曆六年(1578),達賴三世索南嘉措和漠南蒙古右翼土默特的俺答汗在青海湖東麵的仰華寺會麵，達賴三世向十萬餘人講經傳法，此後，黃教在內蒙古興盛起來。俺答汗在歸化城建立寺院，喇嘛教僧人不斷前來布教。明萬曆十五年(1587),控製喀爾喀左翼的阿巴岱噶勒照台吉到歸化拜見三世達賴索南嘉措，三世達賴給阿巴岱上“汗”號。阿巴岱回喀爾喀尊崇並推廣黃教。從此，黃教傳入喀爾喀蒙古。順治六年(1649),喀爾喀非黃教哲卜尊丹巴胡土克圖改宗黃教，黃教在喀爾喀蒙古取得統治地位。噶爾丹興兵作亂的關鍵時刻，哲卜尊丹巴率眾歸附內地，表現了對清王朝的思心。因而，康熙皇帝尊重蒙古人民的宗教信仰，並利用黃教為其統治服務。