達賴屬於西藏佛教的格魯派，俗稱黃教。黃教是後興起的教派。南宋
淳祐四年(1244),西藏佛教派別中勢力最大的薩迦派(俗稱花教)教主薩迦班智達前往涼州(今甘肅武威)覲見窩闊台的皇子闊瑞，議定了西藏地方歸順蒙古大汗的條件及繳納貢賦的品種和數量。元朝建立後，西藏正式隸屬於中國版圖。當時，西藏佛教派別還有噶舉派(俗稱白教)與薩迦派旗鼓相當；寧瑪(俗稱紅教)、本布(俗稱黑教)等派勢力次之。薩迦班智達去世後，其侄八思巴於元朝至元六年(1269)被元世祖封為“大寶法”,即薩迦
政權的創始人、第一任薩迦法王。
自此，西藏第一次出現政教合一的地方政權。元順帝至正十四年(1354),噶舉派乘薩迦王室內訌，起兵推翻第六代薩迦法王，建立第司政權，也稱帕竹政權。明洪武五年(1372)剛即位不久的第司政權第二代法王釋迦堅讚，派人赴京朝賀，明太祖封他為“灌頂國師”,並賜玉印，其他教派凡赴京朝貢者，也分別授予法王、西天佛子、大國師、國師等職。第司政權第五代法正劄巴堅讚是在明永樂四年(1406)被封為“灌頂國師闡化王"。他執政期間頗有建樹，對宗喀巴新創建的格魯派采取扶植態度。
宗喀巴原曾信奉噶舉派。明朝初年，他痛感薩迦、噶舉等派均有失佛教本旨，不守戒律，於是創建新教派——格魯派，提倡“苦行”,敬重戒律，不娶妻，禁飲酒，戒殺生，等等。宗喀巴自明洪武二十五年(1392)三十六歲時收徒，其著名八大弟子中，第二人克珠節即第一世班禪，最末一人根敦朱巴即第一世達賴。明成化十年(1474),根敦朱巴逝世，黃教學習噶舉派“轉世”相承製度，認定次年後藏達訥地方(日喀則宗屬地)出生的根敦嘉措是根敦朱巴轉世的“靈童”(也稱呼畢勒罕，或胡必爾汗，係蒙古語自在轉生之意，也譯為：化身),此為黃教第一個大活佛轉世係統。