康熙年間，發生藏蒙各派政治勢力之間複雜的政治權力及政治主張的矛盾與鬥爭有：首先，長期以來，西藏地方勢力與和碩特蒙古汗王之間，存在著爭奪西藏統治權的鬥爭；其次，顧實汗死後，青海眾台吉與在西藏的和碩特汗，為爭權奪位發生矛盾；最後，青海眾台吉之間的政治傾向性，有時亦出現分歧。
這些矛盾、分歧和鬥爭，在一段時間裏，反映在擁戴哪個達賴喇嘛的問題上，都攻擊對方擁立的是假達賴喇嘛，而自己擁戴的是真達賴喇嘛，因而產生混亂與爭奪。
第巴桑結嘉措在康熙三十六年(1697)公布五世達賴去世消息，同時宣布轉生靈童已找到，即康熙二十二年(1683)降生、年已十六歲的倉央嘉措。康熙三十六年十月二十五日，正式迎倉央嘉措至布達拉宮坐床，是為六世達賴喇嘛。康熙皇帝授予印信、封文，予以承認。然而第巴桑結嘉措的政敵和碩特汗卻表示反對，視之為假達賴喇嘛。
和碩特汗與噶丹頗章政權之間的矛盾由來已久，桑結嘉措任第巴伊始，就對蒙古汗幹涉西藏政務心懷反感。受封土伯特王以後，更急於獨掌西藏大權，擺脫和碩特汗。
康熙四十年(1701),達賴汗去世，長子旺劄勒即位。康熙四十二年(1703),達賴汗次子拉藏汗毒死其兄，奪得汗位。拉藏汗與第巴桑結嘉措的關係日益惡化。雙方終於發生軍事衝突。康熙四十四年(1705)七月，桑結嘉措兵敗被殺。拉藏汗另立隆素為第巴，向康熙皇帝陳奏假達賴喇嘛情由及事件經過，說倉央嘉措不是真達賴靈童，耽於酒色，不守清規，請予“廢立”。雖然拉藏汗與第巴桑結嘉措勢不兩立，但他們都臣服於朝廷，都力爭得到朝廷的支持和加封。康熙皇帝想利用忠於清王朝的地方勢力穩定邊疆，鞏固國防，不願與其中任何一派決裂，所以經常在他們對立的兩派之間調解，謀取平衡。如冊封第巴桑結嘉措為土伯特王，並承認他所確立的六世達賴喇嘛。然而，當拉藏汗殺桑結嘉措、左右著西藏局勢、要求“廢立”六世達賴喇嘛銀製五世達賴喇嘛像時，康熙皇帝又繼續承認並予以支持，遣使冊封拉藏汗為翊法恭順汗，賜金印，令拘假達賴喇嘛赴京。