第巴桑結嘉措敗亡後，其部下將希望寄托於新疆準噶爾部的策妄阿拉布坦，有的逃往該部投靠，有的給策妄阿拉布坦寫信，搬兵複仇。
康熙三十六年(1697),清政府消滅噶爾丹之後，因策妄阿拉布坦對朝廷敬慎有加，曾奉命助剿，便把噶爾丹餘眾賜予策妄阿拉布坦，承認他為準噶爾部的首領，令其在阿爾泰山以西遊牧。但事過不久，策妄阿拉布坦便步噶爾丹的後塵，收集舊部，陸續吞並周邊各部，並伺機侵犯哈密、青海和西藏等地。第巴桑結嘉措部下的求援，刺激了策妄阿拉布坦對權力和領地的貪欲。他利用拉藏汗因與西藏地方勢力和青海諸台吉矛盾而深感孤立、希望得到外援的心理，向拉藏汗提議兒女聯姻，增進友誼。
康熙五十三年(1714),策妄阿拉布坦將拉藏汗長子噶爾丹丹衷約到伊犁(今新疆伊寧),與其女博托洛克結親。拉藏汗因而放鬆了對他的戒備。對此，康熙皇帝卻十分擔心，同年六月，諭領侍衛內大臣等：“拉藏一子前往策妄阿拉布坦處娶親，一子現在青海地方駐紮，跟前無人(有一幼子),豈不孤危?倘或事出不測，此間地方甚遠，相隔萬裏，救之不及，隻有貽悔!”
康熙皇帝擔心的事終於發生了，康熙五十五年(1716)十一月，策妄阿拉布坦派其表弟策零敦多布等人，假稱護送噶爾丹丹衷夫婦歸藏省親，率兵六千名，從伊犁取道葉爾羌(今新疆莎車)繞戈壁，逾和闐南大雪山，涉險冒瘴，晝伏夜行，向西藏進發。該軍於次年七月初四日突至藏北納克產(今西藏奇林錯東南、加林錯東北)地區，搶掠波木寶一部人眾，經騰格裏海(今西藏納木錯)直趨達木(今西藏當雄)。
拉藏汗集中精力對付青海，藏北空虛。而且他對兒女親家毫無戒備。六月初一，聽說兒子在歸途中，便準備到達木迎接。他正著手安排這一喜事的時候，拉藏汗的次子突然趕來，極其悲痛地向父親哭訴了策妄阿拉布坦“設下的陷阱”。拉藏汗聞訊倉促調集軍隊，在達木一帶阻擊進犯之敵，堅守三個月，雙方互有損傷。由於藏軍多係臨時招募，且受準噶爾人挑撥，蒙藏將領不和，兩族士兵矛盾更深，叛變是時有發生，戰鬥力大為削弱，無法繼續抵抗，不得已於十月初八日退守拉薩，派人向清政府求援。拉薩城危在旦夕，城內人心惶惶。策零敦多布於十月二十八日夜圍攻拉薩，至次日在內奸接應之下占領了全城，並進入布達拉宮，殺害了拉藏汗，將其幼子及其所屬寨桑等送往伊犁，拘達賴喇嘛於紮克布裏廟。拉藏汗次子蘇爾紮率三十人突圍而出，不久也被擒獲，其妻間道奔青海，向朝廷報告了詳情。顧實汗子孫控製西藏的局麵，至此宣告結束。