清軍首次進軍安藏全軍覆滅，在交戰雙方心理上都產生了重大影響。準噶爾氣焰更加囂張，繼續東侵喀木地區，欲與清朝爭奪巴塘、裏塘，並進犯青海、雲南等地。青海王公及滿漢大臣畏敵情緒滋長，以“藏地險遠”為由，不積極主張出兵。康熙皇帝則敗而不餒，雖已步入晚年，仍放眼後世及大局，而銳意進取，考慮到西藏屏蔽青海、滇、蜀，若被準夷盜據，將邊無寧日，故毅然決定繼續用兵。但他吸取了前次輕敵冒進的教訓，於戰前做了周密的準備工作。
增派滿洲兵，任命大將軍。康熙五十七年(1718)十月初，即第一次入藏作戰失敗不久，康熙皇帝決定增派京營滿兵三千八百餘名，先後分兩批發往甘肅莊浪、甘州(今張掖)等地駐紮，以備調遣。接著任命皇十四子固山貝子胤褪為撫遠大將軍，率第三批部隊於同年十二月十二日起程，開赴西寧前線。此後，又增派荊州駐防滿兵一千名到成都，派大將軍帳下護軍統領噶爾弼馳驛進川，管領滿兵；調江寧、浙江滿兵，由都統武格等率領，開赴雲南中甸一帶駐紮策應。
進一步團結青海蒙古王公。同年九月，察罕丹津等來朝請安。理藩院議照常例賞賜鞍馬銀幣。在康熙皇帝看來，察罕丹津在人心疑懼之際，委身效順，甚為可嘉，特降旨從原多羅貝勒晉封為多羅郡王。此舉對增強青海蒙古的向心力、穩定青海政治局勢頗為重要。
重用四川文武官員。四川巡撫年羹堯，深悉邊情，辦事明敏，與滿族將領關係和諧。同年十月，在軍機緊要的情況下，康熙皇帝提升他為四川總督，兼管巡撫事，使其由隻理民事，進而肩負督兵重任，為開辟由四川進藏的新路線做好準備。年羹堯主動建議滿兵駐防成都，及時設立進藏驛站，保證軍餉供應，為安藏之役出力甚多。武將中，嶄露頭角受到器重者為永寧協副將嶽鍾琪。他在招撫裏塘、巴塘及進軍西藏時均為前驅，並善於團結土司頭目，同心協力，常收事半功倍之效。