康熙雖然是清廷第二個皇帝，實際上他麵對的許多是開國皇帝必須解決的問題。盡管順治皇帝在位十八年，但是清廷並沒有有效地實行對全國的統治，民族矛盾尖銳對立，乃至在康熙即位後的很長時間內，仍烽煙連綿，戰火不絕，致使經濟蕭條，財政匱乏。
早在順治元年(1644),清政府命令將京畿田地“分給東來睹王勳臣、兵丁人等”。滿洲貴族從此不斷大規模地圈地，二三十年後建立了許多皇莊、王莊，因之他們逐漸地轉化為封建地主，地主對佃農的壓榨激起了許多地方的佃農起義。對於這樣的民族反抗，清政府進行了大規模的軍事鎮壓，殺虐人口，搶劫民財，焚燒民舍，使人口銳減，耕地荒蕪。特別是順治二年
(1645)以後又推行“逃人法”,自順治十三年(1656)實行海禁，“不許片帆入口”。亦“嚴禁商民船隻私自出海”。順治十七年(1660)起，強令百姓“寸板不許下水，粒貨不許出疆”。這些暴政使人民四散流亡，有的“攜男挈女，千百成群”“竟無所歸”。有的“逃避於深山窮穀”“如糜鹿”。山東濱海地區不少農民“倚洪濤為險，借山島為嚳，出沒不常”。遼寧則有“寄居登州海島者甚眾”。也有流亡關外，“結草為廬，開荒度日，有的相從為盜”。不能逃亡為盜者，“則已死亡半矣”。如湖南的嶽州“骼肢盈道，蓬蒿滿城……村不見一廬舍，路不見一行人。慘目駭心，無圖可繪”。江西的贛州等地則是“廬舍俱付灰燼，人蹤杳絕，第見田園鞠為茂草，郊原盡屬丘墟……查保甲不滿千人，稽糧倉並無錢穀，城內數宅茅房，小民難以安居，官雖設而無民可治，地已荒而無力可耕”。生產破壞、人民死亡和逃散導致了財政崩潰，而軍事鎮壓和統一戰爭有增無減，軍餉短缺，弄得統治者焦頭爛額。如戶部所奏“國賦不足，民生困苦，皆由兵馬日增之故……今計天下正賦止八百七十五萬餘兩，而雲南一省需銀九百餘萬兩，竭天下之正賦不足供一省之用”。