康熙皇帝考察官吏的主要途徑是：職能部門考察、親察、密奏。其中，尤其注重親察。
職能部門考察官吏，沿用明代方法：京察、大計和軍政等。京察，即考察京官，六年一次；大計為考察外官，三年一次；軍政是考察武官，五年一次。屆時，由在京三品衙門堂官以上，地方督撫及提督、總兵自陳功過，吏部、都察院開列事實具奏候旨。其下屬官員，分別由京堂、督撫、提督填注考語，造冊開送吏部、都察院。上述被考察官員，凡清廉自守者薦舉卓異，貪酷不謹者予以論劾，然後分別按例升賞、降革。
康熙皇帝利用舊製，但是並不墨守成規，他根據實際情況，有新的改進。鑒於原製度實施已久，有些流於形式，督撫和提鎮對大計和軍政不認真負責，“每將微員細事填注塞責，至真正貪酷官員有害地方者，反多瞻徇庇護，不行糾參，以致吏治不清，民生莫遂”;“貪酷庸劣之輩，無所戒懲，而守法奉公宣勞盡職者，遏抑不彰，無所激勸”,故於大計、軍政之外，另實行“兩年舉劾”之製。這種製度是由軍政長官舉劾屬下功過，分別獎懲。因京察間隔時間較長，康熙皇帝傳諭各該衙門堂官，對屬下隨時甄別、指參，以示勸懲。同時，康熙還提出建立注冊考核製度，規定部院官員，因病因事不上衙門者，均需注冊，“以憑分別勤惰”。通過注冊，康熙皇帝掌握了官員出勤情況，康熙五十三年(1714)二月，翰林等官告假者達三分之二。據此，他決定，“翰林院修撰、編修、檢討、庶吉士、教習進士，並科道官員，有告病回籍者，悉令休致”,解職回家。
親察，是康熙皇帝經常采取的方式。主要是通過親自接觸官員，進行考察。其辦法很多。總督、巡撫及各省其他文武大吏離京赴任前，向皇帝告別，稱陛辭。陛辭時，康熙皇帝有針對性地同他們研討問題，提出要求，做初步考察。康熙十八年(1679)八月二十六日，山東巡撫施維翰陛辭，康熙皇帝同他討論了該地防止兵丁變亂一事。康熙二十四年(1685)二月十三日，漕運總督徐旭齡陛辭，康熙皇帝同他研究了禁陋規、節冗費、整理官吏隊伍問題。康熙皇帝知道徐旭齡任山東巡撫居官清慎，鑒於以前幾任漕督俱不稱職，故將他升任此職，對他說“源潔則流清。爾為大吏，務正己率屬，官吏自不為奸”。徐旭齡感激康熙皇帝知遇之恩，提出一套禁陋規、節冗費的計劃回奏：“凡官吏營私莫如錢糧火耗，臣在山東曾行嚴禁。今者漕運陋規，巧立名色，積習相因，不可枚舉。即如漕運過淮，例應盤驗，乃經管官吏專事需索，以致旗丁窮困，盜賣漕糧，虧損國課。臣到任後，務徹底清厘，以蘇軍民之困。至額設標兵六千，臣衙門非有防守之責，似應量裁，以節冗費。前任漕督原係滿官，故一應本章皆用筆帖式翻譯。臣是漢人，奏疏止用漢字，所設筆帖式亦應裁撤。官省則弊亦省，似於地方有益。”對此，康熙皇帝表示讚賞，說“此等應行事宜，爾到任後即具本來奏，朕自允行”。