懲貪，是康熙皇帝懲治內外官員的重點內容。不過，他親政初期，整飭官員，主要不在反貪墨，而在清除鼇拜之黨的影響。康熙八年(1669)五月智除鼇拜之後，對在京三品以上部院滿漢堂官及在外督撫“詳加甄別”。至九月，經皇帝親自批準，革職、降級、休致的在京滿漢官共八十三人。其中包括尚書、侍郎、左都禦史、內閣學士等高級官員。此外，還將十餘名總督、巡撫等封疆大吏革職、降級。
其後，懲貪的具體內容也隨形勢的變化而變化。平定“三藩叛亂”後，整飭內外官員主要在於處理侵蝕兵餉及入官財物等重大貪汙案件。其中，第一個重大案件是宜昌阿、金焦貪汙逆產案。戶部侍郎宜昌阿被派往廣東查看尚之信家產，同廣東巡撫金焦侵蝕兵餉及入官財物，收受尚之信、商人沈上達財賄，共白銀八十九萬餘兩，並財帛等物，恐沈上達事後告發，將其謀害滅口。案發後，經半年多的審理、討論，於康熙二十三年(1684)五月十八日結案，宜昌阿、金焦，及郎中宋俄托、員外郎卓爾圖，另尚之璋、寧天祚、王瑜等擬斬，道員王永祚擬絞，“俱監候秋後處決”。奉差審理此案的刑部侍郎禪塔海，未審出謀害沈上達之事，被革職。
另一重大案件是蔡毓榮貪汙逆產案。蔡毓榮為漢軍正白旗人，吳三桂叛亂時，任湖廣總督，後被授綏遠將軍總統綠營官兵，同定遠平寇大將軍貝子彰泰從湖廣一路進入雲南。攻克雲南省城昆明時，蔡毓榮將吳逆應入官之家財人口侵吞歸己，並大量饋送貝子及其他大臣、官員等。
康熙皇帝對蔡毓榮的貪汙行為早有耳聞，曾在康熙二十三年(1684)二月對工部官員說，“前用兵之時，蔡毓榮每於銷算估計營造等事，多行浮冒侵漁入己，雲南軍前官員孰有不得其財者”。康熙二十五年(1686)十月，蔡毓榮被改調兵部侍郎。是年十二月，前奉差雲南的侍衛納爾泰，向領侍衛內大臣佟國維首告蔡毓榮，向他行賄白銀九百餘兩；內務府新從雲南歸旗的革職知州文定國，檢舉蔡毓榮隱匿應入官婦女及徇縱逆黨等情。康熙皇帝聞奏，命將蔡毓榮及其子蔡琳革職拿問，並諭令刑部尚書禧佛等：“如此大惡之人若不加懲創，何以使其餘警戒?爾等詳加嚴審，務將情弊盡行察出”。