康熙皇帝於康熙三十六年(1697)五月勝利結束征討噶爾丹的戰爭，班師回京。這時，他又將治河提到重要議事日程。此後，他用大約一年時間集中抓撫循蒙古和察吏安民兩件事。次年十一月，撤換河道總督董安國，重新委任於成龍。從此，康熙皇帝集中精力從事治河。
當時河工中最棘手的問題是上河、下河關係一事。康熙皇帝研究靳輔的治河經驗，並總結自己多年的治河實踐，形成新的認識，那就是“上流既理，則下流自治”,宜集中主要精力治理上河。上河的關鍵是解決黃水倒灌問題。淮水勢弱，不能製黃，全注運河，黃水又複灌入，運河無法容納淮、黃兩河之水，勢必大量排入下河地區。這是淮、揚水災的根源。解決的辦法，唯有提高洪澤湖水位，降低黃河水位，使集中於洪澤湖的淮水，三分入運，七分歸黃，這樣，運道得安。康熙皇帝新形成的治河思想，向於成龍及大學士等談過之後，又在康熙三十八年(1699)二月至五月第三次南巡過程中做了具體的部署。
第一項措施是深浚河底。三月初一，康熙皇帝巡視高家堰、歸仁堤等，用水平測量，發現黃河水位高於洪澤湖，以致河水逆流入湖，湖水無出處，泛溢於興化、鹽城等七州縣，造成災害。他總結黃河有兩大缺點：底高、灣多，以致各處受險。因此，治河上策唯以深浚河底為要。深浚河底，則洪澤湖水直達黃河，七州縣無泛溢之患，民間田廬自然涸出。不治其源，徒治下流，終將無益。
如何才能深浚河底?康熙皇帝經過谘訪，得知河直則流自急，流急則沙自刷，而河自深。因而主張在清口西，數曲灣處試行浚直。如直浚有益，逐漸將上流曲灣之處，加以直浚，這樣，黃河之險自除，而河底漸深，洪澤湖之水漸出，七州縣之水患可漸息。康熙皇帝於回鑾途中再次告誡於成龍：黃河彎曲之處，均應挑挖引河，乘勢取直。