輔臣索尼目睹鼇拜權勢日張，而自己卻年老多病，心中十分憂慮。當康熙屆臨十四歲的親政年齡時，他就策動三輔臣與他一起於康熙六年(1667)三月共同奏請皇上親政。康熙皇帝自思“年尚幼衝，天下事務殷繁，未能料理”,要四大臣繼續輔政數年。索尼等人仍屢行陳奏，康熙隻將奏疏“留中未發”。同年六月，索尼病逝；同年七月，康熙才把索尼等人多次呈請皇上親政的奏疏向臣下宣布，並上奏太皇太後。經過太皇太後允諾“擇吉親政”之後，康熙於是月至太和殿接受王以上文武官員的慶賀禮，同時“布告天下，鹹使聞知”。從此，十四歲的康熙就定期親臨乾清門聽政，令鼇拜等人仍以輔政大臣身份處理國家軍政事務。
康熙皇帝親政後，經過一段時期的磨煉，使他在觀察問題或處理政務方麵，都有一定的主見與能力。如當時，朝廷已明令馮溥調任左都禦史。這在內閣有皇上批示的紅本，而且調令的文件也已抄發。鼇拜仗著自己的權勢，力圖取回改批，對此，馮溥堅決不同意，且理直氣壯地阻止說，“本章既批發，不便更改”。鼇拜聽了大怒，欲加罪於馮溥。這時，康熙皇帝堅決予以支持馮溥，嚴肅地告誡鼇拜：輔臣待人處事理應“詳慎”。盛京缺一兵部侍郎，朝廷一再更換人選，不到十日，奉旨三易其人。馮溥上疏說，“朝廷處理國事，當慎重於未旨之先，不當更易於已奉旨之後”。大學士班布爾善把馮溥的奏章壓下不發，康熙皇帝知道了，隨即索要馮溥的奏章，閱覽後，“稱善，飭部施行”。
但是，由於鼇拜權重勢大，康熙的旨意大都無法遵行。蘇克薩哈重大冤案的發生，便是最好的證明。
蘇克薩哈深感自己同鼇拜結怨日深，為了保全自己，他乘康熙“躬親大政”之際，上疏懇請解職，並一吐心中積鬱，說：“令臣往守先皇帝陵寢，如線餘息，得以生全，則臣仰報皇上豢育之微忱，亦可以稍盡矣!”鼇拜覽畢奏疏，立刻以“輔臣稱旨”名義，斥問蘇克薩哈有何逼迫之處?在此何以不得生?守陵何以得生?並借康熙的權威，“著議政王大臣會議具奏”。