康熙自親政以來，除掉鼇拜集團，消除了朝廷內部侵奪皇權的勢力，但國內仍然存在著不安定的因素。他以“三藩”及河務、漕運為三大事，夙夜廑念，曾書而懸之宮柱上。其中又將解決“三藩”問題看成是治國安邦的頭等大事。
所謂“三藩”,即順治年間清廷派駐雲南、廣東和福建三地的平西王吳三桂、平南王尚可喜、靖南王耿繼茂(後由其子耿精忠襲爵)。當時，他們奉命南征，擊敗南明政權及農民軍餘部，曾為統一中原做過貢獻。與此同時，他們的權勢也隨之惡性膨脹，至康熙初年，已發展為新的地方割據勢力，對清廷統治構成嚴重威脅。
諸藩勢力的發展，與清初政治形勢密切相關。當時清朝統治者需要以高爵厚祿招降漢族將領，為其統一中原服務。孔有德、耿仲明(耿繼茂之父)、尚可喜，原為遼東人，於天命六年(1621)三月清太祖努爾哈赤攻占遼東後，陸續去皮島，往依明總兵毛文龍。天聰二年(1628)六月，明薊遼總督袁崇煥擅殺毛文龍，東江大亂，自相殘殺，孔有德、耿仲明、尚可喜等輾轉流徙，最後在走投無路的情況下，先後歸降後金。清太宗皇太極出城相迎，重接待，並破例，授孔有德為都元帥、耿仲明為總兵官，命率所駐遼陽，號“天祐兵”;授尚可喜為總兵官，命率所部駐海洲(今遼寧海城),號“天助兵”。崇德元年(1636)六月，皇太極改國號為清，封孔有德為恭順王、耿仲明為懷順王、尚可喜為智順王。這時，直屬清廷的三位漢人藩王，不僅於中央集權無害，反而有利於抵製滿洲諸王，維護滿清皇帝的地位和權勢。崇德七年(1642)八月，皇太極命漢軍四旗為八旗，令孔有德、耿仲明、尚可喜分隸正紅、正黃、鑲藍旗。
吳三桂在明清興亡中是推波助瀾的人物。他原籍江蘇高郵人，後入籍遼東中後所，明原任錦州總兵吳襄之子、後任錦州總兵祖大壽的外甥，曾任遊擊、副將等職。吳襄因罪下獄，明晉升吳三桂為總兵官，令其率兵守寧遠(今遼寧興城)。明崇禎十五年(1642)二月，鬆錦會戰結束，明十三萬軍隊大部死傷、瓦解，薊遼總督洪承疇降清，吳三桂逃回，收集逃兵，力守寧遠，為明廷所倚重，清占關外各城，唯寧遠未下。崇禎十七年(1644)三月初六，李自成農民軍已入山西，昌平兵變，京師戒嚴，明崇禎皇帝封三桂為平西伯，令棄寧遠，火速率兵入援京師，並起用吳襄提督京營。於是，吳三桂奉詔率軍起程，但是其行動遲緩，每日行數十裏。寧遠至山海關僅兩日的行程，結果是三月十六日才趕到，二十日到達豐潤，吳三桂得知農民軍已於前一日入京，便率部返回山海關。清廷曾多次下詔書招降吳三桂，正欲率兵入關的攝政王多爾袞更許諾“伯若率眾來歸，必封以故土，晉爵藩王”。與此同時，李自成也曾派人招降吳三桂，但因農民軍的“割富濟貧”“追贓助餉”政策使地主官僚不寒而栗，所以吳三桂最終還是歸降於清廷。同年四月，山海關一戰，清吳聯軍大敗李自成農民軍，多爾袞即日封吳三桂為平西王。至此，清廷封漢人藩王，已有四名。