清朝在正式開始撤藩之前，已經逐步削減“三藩”權勢，限製其不法行為。
首先，收繳吳三桂的大將軍印。按清製規定，大將軍權勢頗重，係臨時性差遣，事畢即解除職務，將軍印繳回。可是，吳三桂駐鎮雲南數載，竟拒而不繳。康熙二年(1663),清廷遣內大臣對住在京師的吳三桂之子額駙吳應熊說：“他日永曆在緬，邊方多故，故予若父將印，重事權也。今天下大定矣，據之不還何為者?”吳應熊將朝廷之意轉達其父，吳三桂不得已，具疏上繳大將軍印，但內心對此卻很不平靜。
其次，裁兵裕餉。早在順治十七年(1660),有人建議裁減雲南綠營兵五分之二，以節約兵餉。吳三桂借口邊事未以自固，兵力難減；康熙六年(1667),左都禦史王熙又奏請裁響，省額餉百餘萬。
第三，解除藩王總管雲貴兩省事務職務。康熙六年(1667)五月，吳三桂以目疾辭雲貴兩省事務。朝廷立即批準，決定“將該藩所管各項事務，照各省例，責令該督撫管理”。其大小文官亦照各省例，由吏部題授。同年九月，吳三桂黨人雲貴總督卞三元及雲南提督張國柱、貴州提督李本深共同上疏請求雲貴兩省事務仍交吳三桂管轄，並以“目前邊疆叵測可慮”威脅朝廷“收回成命”。朝廷態度非常堅定，並規定，藩王下屬人員不得任督撫。翌年冬，卞三元見吳三桂與朝廷矛盾日益尖銳，欲求脫身之計，遂托言母病乞休，朝廷準其離任“回旗養母”,另派漢軍正藍旗人甘文焜繼任雲貴總督。甘文焜駐貴陽，精練標下官兵，察訪山川形勢，試圖牽製並逐步取代吳三桂。
康熙智擒鼇拜之後，認真學習經史典籍，更加清楚地認識到，“三藩”不能與宋初的開國功臣相比，而是屬於唐末藩鎮一類，勢在必除。因此，便加緊進行撤藩的準備工作，如整頓財政，籌措經費；擴編佐領，加強訓練，提高八旗兵的戰鬥力；采取緩和民族矛盾與階級矛盾的措施，以爭取民心；等等。此外，他還關心因反對吳三桂而遭到處罰的官員。康熙九年(1670),將因揭發吳三桂“陰謀不軌”而被判死刑的原甘肅慶陽府知府博宏烈免死遣戍廣西梧州；康熙十年(1671),康熙皇帝東巡至奉天(今沈陽),親自詔見因劾奏吳三桂而被流徙尚陽堡的郝浴。郝浴向康熙皇帝詳細披露三藩為害的始末，康熙皇帝聽後為之動容。不久，又有南明遺臣查如龍竄至雲南，煽動吳三桂反叛朝廷。此事泄露之後，查如龍被解京處死。從此朝廷對吳三桂的懷疑更深。三藩必撤之勢已成，隻待有利時機。