同治皇帝因病經多方醫治無效，於同治十三年(1874)十二月初五日死去，而距同治皇帝之死不足一百天，同治皇帝的皇後阿魯特氏也突然死去。同治皇帝死時隻有十九歲，而阿魯特皇後也不過二十一歲。皇帝與皇後之死，轟動了朝野。關於死因眾說紛紜，一是有人說死於天花；二是死於梅毒；三是死於疥瘡，時至今日，仍沒有定論。至於是否與西太後有關，也無人知曉。
慈禧本來不同意阿魯特氏當皇後，隻是由於東太後和同治皇帝的堅持，慈禧才讓了步。同治皇帝婚後與阿魯特氏的感情特別好。阿魯特氏性格溫柔，舉止大方，知書達禮，更難得的是對詩歌有一定造詣，有時，同治皇帝故意念一句唐詩，叫皇後接著念，每次都沒考住，阿魯特氏不假思索地就續念下去，背誦如流。因此，同治皇帝更加喜歡皇後了。對此，慈禧非但不高興，反而更嫉恨阿魯特皇後。她曾把同治皇帝叫到跟前，板著麵孔教訓道：“你身為一國之君，不思祖宗的基業，成天一味地在後宮廝混，成何體統?再者說，慧妃論模樣兒、論人品，哪一點差?你怎麽能冷落她呢?皇後年紀輕輕的，不懂禮法，往後你不要動不動地就到皇後宮裏去，那樣是會妨礙處理朝政的!”同治皇帝聽了慈禧這番不通情理且自相矛盾的教訓，敢怒而不敢言，口裏隻得連連稱是。慈禧還派太監暗中監視同治皇帝是否不聽她的話，仍與皇後親近。這時，同治皇帝雖然不敢再到皇後的宮中去了，但是，對慧妃卻越發不予理睬了。他以為太後訓斥自己，是由於慧妃嫉妒皇後，搬弄是非的結果。他寧可長年在乾清宮獨宿，也不到慧妃的宮中住宿。
同治皇帝由於受不了寂寞，經常夜裏化裝出宮遊**。因為名妓聚集的八大胡同是朝臣們經常出沒的地方，擔心被朝臣們認出，所以同治皇帝在心腹太監的帶領下，隻能到城南的下等妓院去。久而久之，染上了性病也不足為奇。同治皇帝得了性病，礙於皇帝的威嚴，不能如實說出病情，而禦醫們誰敢說真話呢!所以隻能當天花來下藥。非但不能及時治療，反而竟吃錯藥。這樣一來，同治皇帝的結局也就可想而知了。他於同治十三年十月三十日臥病在床，到十二月初五日夜裏便咽氣了，前後不過三十七天。這期間，慈禧雖然數次親臨病榻，親自過問醫藥情況，甚至不惜重金，采多種舉措。但是，對同治皇帝的病毫無作用，她眼睜睜地看著自己的獨生兒子渾身流膿淌血氣絕身亡。