在很快地處置了維新派，推翻了新政權之後，如何處置維新運動的主持者光緒皇帝，對慈禧集團來說實在是個很棘手的問題。這時，已預示著新的災禍臨頭了!
起初，慈禧是一心想廢黜光緒的。一天，她召見了榮祿，問他： “廢立之事可行嗎?"
這時並不同於朝堂之上、群臣之前，榮祿用不著拐彎抹角，便直率地說： “太後要行廢立之事，誰敢說不行!但現在他的罪狀還不充分，一旦廢棄，外間難免引起混亂。所以，奴才以為這件事不可不慎重!”
榮祿的擔心並不是沒有根據的，自政變之後輿論紛紜，人情危懼。 “皇帝有病，生命垂危”,甚至“要換皇帝”這類傳說遍及全國，有的報紙還公開做了宣傳。慈禧曾命軍機處密電各省總督、巡撫，征詢他們的意見，很多大員盡管不支持變法，不擁護光緒，但怕引起混亂、**，都不敢表示同意。劉坤一、岑春煊等人發電報給慈禧，反對廢立。劉坤一在電報中半是憂慮，半是威脅地說： “君臣之分已定，中外之口難防。所可言者在此，所不可言者在此。”
對於廢黜光緒，社會輿論更為強烈。慈禧的陰謀透露出來之後，候補知府經元善、誌士蔡元培等人在上海聯合海外僑民、商人等三千餘人(實際隻一千二百三十人),發電慈禧，表示抗議，要求保護光緒。慈禧惱羞成怒，立命逮捕經元善，經元善逃往澳門。
朝中，大臣的意見也很不一致，慈禧的忠實奴仆們不斷出謀劃策。大學士徐桐上疏，奏請立即廢掉光緒， “賞”他一個“混德公”名號。禦史張仲所，黃桂鋆也給慈禧上疏，說光緒得罪了祖宗，應當廢掉，候補知府曾廉、
翰林院編修王龍文也呈請慈禧順人心，體輿情，定大計，行廢立之事。
但也有一些人卻表示反對。一次，協辦大學士，吏部尚書孫家鼐被召見，他對慈禧說： “臣不以廢帝為然，恐怕南方各省知道後要造反，務必請太後再三斟酌。”慈禧很不滿意，斥責他說： “這件事不是你們漢人所應當幹預的!"