由於朱元璋接連不斷地屠戮功臣，到洪武末年，僥幸逃過一劫的耿炳文已是碩果僅存的老將。燕王起兵後連打勝仗，使建文帝在北平內外備燕的部署化為泡影。於是，建文帝便命耿炳文率師北伐，結果是大敗而歸。
當燕王像秋風掃落葉一樣無堅不摧地攻城略地的時候，建文帝每天都還在和方孝孺等人討論複古改製的事。大體就在燕王起兵的同時，建文帝用方孝孺為翰林侍講。建文帝也好讀古書，有什麽疑難就向方孝孺這位大儒請教。
他們按《周官》更定官製，方孝孺也由翰林侍講改名為文學博士。他們討論更定律令，減輕刑罰，以仁義治國，還要合並州縣，裁減冗員，還饒有興致地討論如何實行井田。這種情景與北邊硝煙彌漫的戰場形成了鮮明的對照。它表明，建文帝低估了燕王的實力。他把對付燕王的事交給齊泰、黃子澄去辦，自己潛心於複古改製，這就必然要一再地貽誤時機。
七月二十四日，就藩在宣府的穀王穗慌慌張張地回到京師，向建文帝報告燕王起兵之事。這時，前方不斷失敗的戰報接二連三地傳來，特別是宋忠在懷來大敗的消息傳來後建文帝才感到北邊的形勢比較嚴峻了。他召集廷臣集議，商討對策。齊泰主張公布燕王反叛的罪狀，削去他的宗室屬籍，出師征討。有的大臣認為燕王有叔父之尊，這樣做有些過分。齊泰爭辯道： “明其為賊，敵乃可克。”建文帝采納了齊泰的意見，並下詔書，告之天下，出師伐燕。
那麽，誰來充任伐燕的統帥呢?洪武時期南征北戰的老將差不多都被殺光了，這也正是藩王的兵權越來越重的一個原因。有人推測，倘若藍玉不被殺，而仍主持北邊防務的話，燕王未必能夠得手。藍玉是建文帝母親的舅父，凶猛善戰，絕不是宋忠、謝貴等人所能比擬的。但是這樣的猛將差不多都被殺光了，在僥幸活下來的幾個將領中，耿炳文較負重望，伐燕的重任就落在了他身上。