其實，城中也在時時注意城外燕軍的動靜，徐增壽得知燕軍已進至金川門時，便欲舉兵響應，因行事不密被人發現。建文帝大怒，擒之並親手將其腰斬，屍體棄於路旁。
然而，建文帝敗局已定，一切努力也難挽狂瀾。金川門上的穀王朱穗、曹國公李景隆，望見朱棣的麾蓋，下令開門迎降。戶科給事中龔泰此時也在城上督兵防守，拒不從命，從城上投下自殺而死。
門卒龔翊知大勢已去，痛哭而去。士氣正盛的燕軍歡呼鼓噪，一擁而入金川門。金川門內本用槍支頂住，垛滿的槍支密無縫隙。門鎖雖開但槍支如林，先衝進來的燕兵被後麵的大隊擠上前去，被槍紮死的不少；
燕兵如潮水一般衝入城內，各處的官軍都隻有徐輝祖等人還帶兵與燕軍展開了巷戰。但很快就失敗了。一些朝臣也紛紛棄官逃跑，四年的戰事已進入尾聲，南京城裏一片混亂。
朱棣除派兵占領皇宮和各要害之處，又分別派了一千餘騎兵前往護衛周王、齊王。周王與燕王同母所生，與燕王最為親近，因此他最擔心在城破時他們遭害。
周王見大兵來到，不知道是燕兵，以為死期臨近，倉促恐怖，等知道是燕軍來護衛營救頓時大喜，說： “我不死矣。”周王隨燕兵來見朱棣。
朱棣聽說周王來到，迎出營外，二人相見大哭。周王說： “奸惡屠戮我兄弟，賴大兄救我，今日相見，真再生也。”說罷，二人並轡來到金川門，下馬，握手登上城樓。
懿文太子妃常氏在軍中與朱棣說了一席話之後，便沒人再理她了。燕軍拔營攻城，她也悻悻地返回了京城。但這時京師已是一派慘狀，大街小巷滿是燕軍士兵，激戰過的地方橫屍流血，沒打過仗的地方也是一片狼藉。更令她驚駭的是在她走近皇城時，就發現宮中火光衝天，濃煙滾滾，可歎往日一派繁盛而又肅穆的紅牆黃瓦的宮殿已是一片火海。