明成祖在即位前，多次向建文帝上書，用的都是建文年號。但當他稱帝後即予革去，實際上就是否認了建文帝。對建文帝所實行的一些製度、所上的一些尊號、改用的一些名稱，明成祖悉數更改，一般的是恢複洪武時舊製。
建文帝曾“更定內外大小官製”,明成祖令盡複洪武舊製。明成祖恢複洪武舊製，顯得明成祖才是明太祖的正統繼承人。對建文帝更改洪武官製一事，明成祖曾歎息著對群臣說： “隻如群臣散官一事，前代沿襲，行之已久，何關利害，亦欲改易。且陵土未幹，何忍紛紛為此!”
所謂“散官”,明代也稱階官，即雖有其名但閑散無職事的官。其製始於漢代，到隋代才有了“散官”之名。
建文時，京城各門和宮中諸殿的名稱都已改過，明成祖下令全部恢複洪武時舊名。建文時所上的諡號也重新改諡。建文帝追尊他的父親朱標為孝康皇帝，廟號興宗，明成祖則仍稱朱標為懿文皇太子。
朱標的元妃常氏，建文帝尊為孝康皇後，明成祖複稱她為敬懿皇太子妃。建文帝的生母呂氏，建文帝尊為皇太後。明成祖入金川門那天，曾把她迎至軍中，向他的這位皇嫂述說了一通不得已才起兵的原委，後來讓她和其子膠燃一起寄居懿文太子陵，仍稱她為懿文太子妃。建文帝的另外兩個弟弟允桶和允燈都被廢為庶人。
最惹人關注的是對明太祖和馬皇後的改諡。建文帝上給明太祖朱元璋的諡號是“欽明啟運俊德成功統天大孝高皇帝”,馬皇後原有諡號為“孝慈高皇後”。
在古代，諡字越多表示越尊崇。明成祖為了表示自己是明太祖的正統繼承人，以極其隆重的禮儀對他的父母重新上諡號。
為了安撫歸降諸臣，讓他們免除疑慮，明成祖將建文時諸臣的千餘封章奏取出，命解縉等人檢查一遍，凡是關於民生之類的都保留下來，其他凡是有所幹犯的都燒掉，以解除諸降臣的顧慮。人們現在所看到的《明太祖實錄》是經三修而成的。對建文時所修的《明太祖實錄》,明成祖說它“遺逸既多，兼有失實”,送命儒臣重修。