建文帝五月即位，第二年七月燕王即正式起兵。在這一年多一點兒的時間裏，建文帝不僅多次派人偵查燕王，而且對燕王采取了一些防範措施。燕王采取各種辦法迷惑朝廷，在暗中卻密鑼緊鼓，進行了各種周密的準備。
對燕王而言，周王的被廢削無疑是個信號。他意識到自己也有隨時被廢削的可能，這時他就開始秘密地進行準備。他挑選了一批身手不凡的壯士為貼身護衛，以勾逃軍為名，在全國各地收納了一些異人術士來協助自己。這些人猶如春秋戰國時期的策士，可以起到一般人所起不到的作用。
燕王府是元朝舊宮，院落廣大深邃。姚廣孝在後苑負責操練將士，趕造軍器。為了迷惑外人，尤其是擔心建文帝派來的耳目，便修築了規模較大的地下室，上麵再建上房屋，周圍再繞以又高又厚的牆垣，牆根下再埋上大大小小的缸甕。為了盡可能的保險，還在後苑養了大群的鵝鴨，用鵝鴨的叫聲來遮掩操練和製造軍器的聲音。
然而“沒有不透風的牆”,不論燕王府的圍牆多麽高大，府內的動靜還是露出了一些蛛絲馬跡。魏國公徐輝祖是徐達的長子，也就是燕王妃的哥哥，因兩家來往密切，了解一些燕王的動向。他忠於建文帝，不時向建文帝報告一些有關燕王的消息，要建文帝早做準備。徐輝祖因而受到建文帝的信任，下詔為徐輝祖加官太子太傅，並讓他和李景隆共同掌管六軍，協謀圖燕的事。
到十一月間，建文帝便按照齊泰的建議，以防邊為名，調兵遣將，對燕王采取了一些防範措施。看來，這時的風聲是越來越緊了，以至於一些下級官員也開始談論燕王將奪位的事。例如，四川嶽池教諭程濟就上書建文帝說： “燕兵大概在明年就要起事了。”這當然是個很敏感的問題，一些朝臣指責程濟胡說，把他召來，準備殺掉他。建文帝雖未殺他，但還是把他關進了監獄。