通過蔡元培的大力整頓，北大煥然一新。在蔡元培“兼容並包”的方針下，北大當時不僅有存在新思想和舊思想的師生，也有人持中立態度。
在《新青年》和《新潮》創刊之後，有熱衷國學的教員創辦了《國粹學報》和《國故》月刊，也有持中立態度的師生創建了《國民》雜誌社。不僅如此，當時的北大在選聘教師、課程安排和課外活動等方麵也都充分地體現了這一點。顧頡剛說過這樣一句話來評價蔡元培：“蔡先生聘任教師，不問人的政治意見，隻問人的真實知識。”無論是代表進步思想文化的陳獨秀，還是像劉師培、辜鴻銘這樣學識廣博的人物，各方學者都紛紛登上了北大的講壇。在這種新型教育方式下，學生們不僅能夠解放思想自由發展，也能在經過比較和選擇後改變思想。各類學派和觀點也在自由發展中實現了優勝劣汰，可謂是一舉多得。
經過蔡元培的整治，北大不僅在日常的教學中展現了新的麵貌，連課外活動也明顯活躍起來。師生們自發建立了許多組織，比如靜坐會、武術會、辯論會和書法研究會等等，極大地豐富了課餘生活。當時表現比較突出的有徐寶璜等人發起的新聞學研究會，還有哲學研究會、《每周評論》和《國民》月刊等。新聞學研究會成立於1918年10月，是中國首個有組織的新聞學研究團體，培養了一批具有專業精神的青年，甚至有像毛澤東和李大釗這樣的革命領袖；還有羅章龍等著名的社會活動家；或者像譚植棠、高君宇等報刊和雜誌的重要作者。
俄國的十月革命爆發以後，馬克思主義傳入中國。北大的李大釗作為“中國馬克思主義”第一人，為馬克思主義的傳播作出了巨大的貢獻。1918年冬天，李大釗組織成立了“馬克思主義研究會”，在刊物上介紹了馬克思主義，同時還在課堂上講授。1920年3月，成立了“馬克思學說研究會”，年底又成立了“北京大學社會主義研究會”。無論是研究會的成立，還是社會主義課程的開設，都得到了蔡元培的同意和支持——馬克思主義之所以能在北大長期存在和發展，離不開蔡元培堅持思想自由、兼容並包的開明方針；到五四運動之前，馬克思主義已經成為北大一股強大的思想潮流。