1916年12月26日，蔡元培受命擔任北京大學校長。就任後的蔡元培先是對北大做了一個調查分析。他認為北大需要改善的地方主要有兩點，一是科目亂雜；二是風氣頹壞。要想改變這些現狀，必須要把北大改造為學術機關。
1917年1月9日，蔡元培發表就任北京大學校長的演說，對學生提出三點要求：一曰抱定宗旨，二曰砥礪德行，三曰敬愛師長，將“抱定宗旨”置於首位。明確求學目的及辦學宗旨，望學子們以身作則，匡正流俗，為天下人之道德楷模。勉勵學子尊敬師長，團結友愛，實為良好社會風氣之必要。極富針對性，有著匡正時弊的重要意義。
蔡元培在北大迅速進行了一係列的機構改革，其中一些是他在五年前任教育總長時沒做成的。上任3個月後，他仿照德國大學自18世紀以來的建製，為北大設立了“評議會”。1917年3月，10名教授當選為評議員，蔡元培的民主改革取得了實質性進展。評議會製定和審核學校的各種章程、條令，凡大學立法均須經評議會通過，決定學科的廢立；審核教師的學銜和學生的成績，提出學校的預決算費用。它擁有很大的權力。在評議會設立時，曾有同學提出要有學生代表參加，蔡元培沒有同意。盡管如此，對於評議會的決定，蔡元培即使並不讚同也會尊重評議會。
在管理中他倡導教育救國的思想，參考西方大學的先進教育方針和製度來對北大進行改造，號召學生們不要虛度光陰，要腳踏實地地鑽研學問，以求獲得真才實學。在扭轉風氣方麵，他鼓勵學生們“以身作則、力矯頹俗”，開展正當娛樂來豐富精神生活，北大的各種社團開始蓬勃發展，校園裏呈現出活潑向上的精神麵貌。
蔡元培不光提出了教育改革的指導思想，還一條一條地落實到了行動上。首先是破除學生“讀書是為了做官”的舊觀念——蔡元培強調進入大學學習的宗旨在於求學，要為學問而學，而不是為當官而學。當他還在譯學館的時候就知道北大學生的習慣，由於一開始北大招收的都是京官，所以學生們都被稱為“老爺”，監督和教員被稱為“中堂”或“大人”。學生們對於學問沒有追求，隻是想在學校裏消磨時間，等年限滿了就可以拿到畢業文憑，然後找到出路。教員也不用功，他們通常把講義印出來派發給學生，然後照本宣科地讀一遍就算完成任務，學生們下課以後也再不會拿出來溫習，等到畢業考試時就要求教員們泄露出題的範圍，教員也往往都會告訴他們，這就導致學生們養成了不用功的壞習慣。