1925年2月，清華學校設立大學部，招收四年製大學生。吳宓回到北京，清華學校校長曹雲祥聘他為清華教授，具體負責籌集中的清華研究院。
話說這清華研究院籌建主任人選，最初曹雲祥想到的是胡適。胡適當時風頭正健，文化人張口閉口總以“我的朋友胡適之”行走江湖，感覺這樣倍兒有麵子。可是胡適推辭了。胡適雖然沒有去清華研究院，但他策劃了清華研究院的管理方式，那就是中西合璧。具體來說，是采用宋、元書院式的導師製，加歐美大學研究生院的自由研究方式。
在吳宓到清華入職時，他向清華校長曹雲祥提出，作為籌備主任有全權負責研究院工作的權利，曹雲祥表示同意。吳宓由此開始他在清華研究院的行政工作。他之前沒有做過，但不影響他想把這事做好。
吳宓上任後的第一件事，就是去拜訪王國維和梁啟超。胡適晚年曾這樣回憶他和王國維的初次見麵：“他的人很醜，小辮子，樣子真難看，但光讀他的詩和詞，以為他是個風流才子呢！”想來吳宓見王國維，對他的長相估計也不敢恭維，但他很清楚，王國維被溥儀尊為老師，文人的自尊深深刻在他骨子裏。一見麵，吳宓就驅前兩步，恭恭敬敬向王國維行三鞠躬禮。王國維一直為此感動不已，後來經過一段時間共事後，更將吳宓引為知己。1927年6月2日，王國維投湖自盡，他臨終前在遺囑中說，他的書籍可托陳寅恪、吳宓處理。這足以證明對陳寅恪和吳宓的極大信任。
吳宓去拜會梁啟超時，拿著陳寅恪的文章向他詳細介紹了陳寅恪。梁啟超對陳寅恪的文章很是讚賞，同意和吳宓聯名向曹雲祥校長推薦陳寅恪到清華研究院當導師。
陳寅恪的經曆很特別，他13歲就留學海外，足跡遍布日本和歐美，可是卻一個學位也沒要。他既有舊學家傳，又懂30多門外語，學貫中西。