早在1940年，吳宓就想離開西南聯大，到已遷到貴州遵義的浙江大學執教。吳宓當時在西南聯大，說愛情，愛情沒發展；說事業，事業沒進步。他在浙江大學的朋友就寫信慫恿他離開西南聯大，朋友說：“老吳啊，你看你現在混得咋樣你心裏沒個數嗎？到浙江大學來吧，我們正好要辦個《思想與時代》的刊物，說不定這就是你東山再起的機會。”
吳宓完全被他說動了心，唯一讓他猶豫的是，一幫“學衡派”的舊相識此時就集中在浙江大學。“學衡派”的朋友竺可楨任校長，“學衡派”的主要人物梅光迪任文學院院長，還有張其昀、郭斌龢等六七人都在浙江大學。吳宓就怕這個，一會兒想我去了浙江大學，會不會和梅光迪關係處不好，以前我們在東南大學的時候就沒少鬧別扭；一會兒又想到其他朋友勸他的話，這些朋友說浙江大學現在矛盾很多，可是因為利益糾葛分成了兩派，你是幫文學院，還是幫理學院？
思想出了問題，行動就耽誤了。吳宓後來還是打消了去浙江大學的念頭，暫時還是留在了西南聯大。
轉眼到了1944年的秋冬，吳宓離開西南聯大的清華外語係，去了成都的燕京大學。燕京大學是一所著名的教會大學，1919年在北平建校，抗戰爆發時，北方名校南下內遷，燕京大學搬到了成都。而吳宓之所以選擇燕京大學，是因為好友陳寅恪在那裏。
1941年12月，香港被日軍占領。1943年，陳寅恪一家從香港逃出，輾轉來到成都，應聘於燕京大學。1944年，陳寅恪雙目失明，在學校對麵的存仁醫院住院，學生自發輪流看護，男生值夜班，女生值白班。本來對教會學校心存偏見的陳寅恪對校長梅貽寶說：“未料你們教會學校倒還師道猶存。”晚年梅貽寶回憶，這一評語是對他辦學的最高褒獎。