1946年7月初，胡適由美國回到上海，月底到北平。9月20日，正式接任北大校長，開始了他在北大的最後時光。
胡適任北大校長期間，積極謀劃北大的學科發展和教學條件的改善，但由於時局等原因，很多未能付諸實踐。
胡適接手北大之初，曾向人表示，他很想把中文係某些教師的繁瑣考證風氣加以扭轉，使他們能做到他所主張的“大處著眼，小處著手”。史學係主任姚從吾任河南大學校長後，胡適曾想兼任史學係主任，以便對史學的研究方法有所改進，考慮到已經兼國文係主任，就由秘書鄭天挺兼任，自己則在史學係開了一門史學方法論的課程。但由於胡適作為名人太過忙碌，他對北大國文係的改造設想沒有得到充分的實現。
胡適曾屢次向人說，蔡元培當北大校長的時候，北大蓋起了紅樓；蔣夢麟任北大校長的時候，北大建了圖書館，所以他計劃為北大建一座大禮堂。
胡適做好了各種準備，他找人勘測地形，請梁思成設計方案，萬事俱備隻欠東風，唯獨沒有錢。1947年12月11日，胡適在南京向北大的校友呼籲“捐款建築北京大學禮堂及博物館”。1948年3月24日他再次發起北大校友募捐，建築蔡孑民紀念大禮堂，作為北大50周年的祝壽禮物。但還是因為沒有經費，計劃最終落空。
學校經費沒有著落，教師的生活清苦，聘請的教員無法落實，工作難以開展。胡適在記者招待會上曾抱怨“教授們吃不飽，生活不安全，一切空談都是白費”。為了給教師們爭取錢，胡適致電教育部，說平津的物價高昂，教員們的生活清苦，他請求教育部給教師們發實物，如果不能配給實物，請求他們按照實際的物價，提高實物差額金的標準。
胡適在日記中歎息道：“北大開教授會，到了教授約百人。我作了二個半鍾頭的主席。回家來心裏頗悲觀，這樣的校長真不值得做！大家談的想的都是吃飯！向達先生說的更使我生氣。他說：‘我今天愁的是明天的生活，哪有工夫去想十年二十年的計劃？十年二十年後，我們這些人都死完了”。因為經費短缺，他們連基本的生存都是個問題，這讓胡適非常揪心。