傅斯年結束留學生涯，回到了闊別已久的祖國。原本，他是計劃受聘於北京大學的，可惜世事難測，人算不如天算，這一年正是北洋軍閥執政最黑暗的一年，各路軍閥縱橫中原，開始相互傾軋與混戰。
1926年3月18日，北京高校學生因為日本軍隊派軍艦炮擊天津大沽口，所以紛紛組織起來向段祺瑞執政府請願。當浩浩****的遊行隊伍來到執政府門口時，卻遭到槍擊和暴力毆打，當場死傷數百人，其中北大、北京女師大死傷最多，後來魯迅那篇著名的文章《記念劉和珍君》，記述的就是此次事件中遇難的年僅二十二歲的劉和珍與楊德群等女師大學生。
慘案發生後，北洋軍閥政府曾計劃“掃除三個半學校”，分別是中俄大學、中法大學、北京女子師範大學、北京大學之一部，並擬定了一張通緝當時北京教育界、文學界包括魯迅、李大釗等人在內的50多人的名單。
在巨大的壓力下，魯迅被迫離開北京到廈門大學任教，北大教授劉半農、馬敘倫、高一涵、顧孟餘等人，也先後離開北京另謀生路；至於那些不能離京的教授們則大多轉到形勢較為平穩的清華大學和燕京大學；或者暫時蟄伏下來，不再伸頭露麵。整個北大從一院到三院呈現出前所未有的凋零景象。
1926年4月，段祺瑞執政府倒台了，北京政權落入奉係軍閥張作霖的手中，他下令封閉報館，鉗製輿論，捕殺報人。一時間，北京城風聲鶴唳，人人自危。蔣夢麟、朱家驊、李大釗等北大名流紛紛出逃，胡適也感到了前所未有的壓力，尋了一份英國庚款谘詢委員會中國委員的差使，離開北京去了英國，算是體麵地躲過了一劫。
胡適是北大的最後一根重要支柱，隨著他的出走，再也沒有人顧及傅斯年的死活與歸國後的去向了。