傅斯年為了聘請顧頡剛得罪了魯迅，這件事讓顧頡剛非常感動，所以開始盡心盡力地協助傅斯年籌建曆史語言研究所。
曆史語言研究所簡稱“史語所”，是中央研究院最早成立的幾個研究所之一。其實，中央研究院最初隻設立了與國計民生有直接關係的理化實業、社會科學、地質、觀象台等四個研究所，並沒有設立史語所。但是，傅斯年認為既然是中央研究院，就應該有文史方麵的學科加入，否則將有失偏頗，於是憑著與院長蔡元培的良好關係，開始對中央研究院的其他幾位決策人物展開遊說攻勢，最終憑借特殊的魅力和超人的智慧加霸氣，促使中央研究院又在廣州中山大學的校內設立了“曆史語言研究所”，並成為“曆史語言研究所”的所長。
傅斯年得償所願，難免沾沾自喜，但讓他沒有想到的是，自己霸氣十足的性格會斷送了他與顧頡剛的友誼。
在史語所籌備的初期，顧頡剛一直念及他們的情分，所以盡量壓製自己的脾氣，對傅斯年言聽計從，所以那時他們兩人的關係還能相安無事。但是隨著共事時間的增長，顧頡剛逐漸無法忍受傅斯年的獨斷獨行和強勢。
顧頡剛做事情喜歡按部就班，每次都要列出詳細的計劃表，然後按照流程一步一步去做。但傅斯年卻不同，他時不時會冒出一些新的想法，而且為了自己的想法能實現，就要求顧頡剛配合自己改變計劃，這就意味著顧頡剛的很多工作都要重頭再來。
浪費的時間，讓顧頡剛格外心疼，他甚至有些後悔離開廈門大學。在廈大時他能靜心研究，還編寫了《古史辨》一書，一經出版，立刻被推到了古史學界的最高點，連他的老師胡適都甘心位居他之下。學者們都稱顧頡剛發起了國史學研究領域中的第二次革命，其身份地位都榮耀無比！