史語所因為“八千麻袋”事件而名揚天下，然而奠定它在科學界中權威地位的還有另外一件大事，那就是對安陽殷墟的15次發掘。
安陽殷墟位於河南省安陽市西北郊，數千年前，這裏曾是商王朝後期都城的所在。1899年，國子監祭酒王懿榮在中藥的“龍骨”上發現了甲骨文，並證實了這些“龍骨”是在這片地域發現的後，大批的考古研究者蜂擁而至，開始了考古資料的搜集。
《老殘遊記》的作者劉翳曾在此地收集到500多片龜甲獸骨。後來，羅振玉也曾搜集到3萬多片，並以此為依據編寫了《殷墟書契》等著名書籍。
對於傅斯年而言，安陽殷墟同樣具有不同凡響的曆史意義和價值，在史語所正式成立之前，他就計劃對安陽殷墟開展考察。但是這個決定遭到了不少學者的反對，因為以羅振玉為首的大部分金石學家和古器物學家都認為安陽殷墟的寶藏早就被搜羅一空，沒有任何挖掘的價值。
傅斯年沒有理會這些質疑，他派出董作賓帶領一支臨時考古隊伍直奔安陽殷墟。
董作賓是著名的甲骨學家和文史學者，他比傅斯年大一歲，性格忠厚，做事嚴謹，曾被傅斯年聘入中山大學任教。後來，傅斯年成立了史語所，因為欣賞他的學識和專業，便邀請他從事考古研究工作。傅斯年這次選擇董作賓帶隊，除了肯定他的工作能力外，也因為董作賓是河南人，對河南的情況比較熟悉，由他來調查河南省內的文物古跡，既能減少地方政府的阻力，也切實可信，實在是兩全之舉。
董作賓不負所托，在安陽殷墟經過18天的考察後，發現小屯地下埋藏的有字甲骨，並不像羅振玉等人所說的那樣已被挖盡，但是一些實際情況卻令他心痛不已。
當地的村民認為這些畫著神秘字符的骨片是包治百病的“神藥”，隻要把這些“神藥”磨成粉末吃下去，不管得了什麽病都一定能好起來，所以大量極具價值的古物都被他們吞入腹中；而在暴利的驅使下，許多商人，還不斷去殷墟挖岀甲骨和古董倒賣，讓好好的一片文化遺址變得滿目瘡痍。隨著甲骨片越來越少，這些利欲熏心的商人還在牛骨上仿照真甲骨刻上文字，拿到集市上出售，大獲其利。