因為戰局緊張，殷墟的考古工作被迫停止，發掘人員在匆忙中將出土的器物整理裝箱，風塵仆仆的押運到南京。
這個時候，中央研究院已經由最初的幾個研究所發展到十個，進入鼎盛時期。這時的傅斯年也開始以總幹事的身份處理中央研究院的各項事務，史語所隻是他掌控大局中的一部分。
就在傅斯年上下奔波，忙得焦頭爛額的時候，淞滬抗戰爆發了。
1937年8月13日，駐上海的日軍與中國第九集團軍在虹口機場發生摩擦並交火，日軍乘勢向江灣、閘北中國駐軍發起進攻，中國軍隊奮起抵抗，舉世矚目的淞滬抗戰拉開了序幕。
8月17日，國防參議會在南京召開，胡適、傅斯年、蔣夢麟、梅貽琦、張伯苓等學界要人出席了會議。會議上，傅斯年力主中央研究院各研究所以及平津各重點大學都遷徙到長沙與南昌一帶暫避。這個請求得到了多數參會者的響應與支持，很快形成了政府決議。
南京國民政府開始設法動用運輸力量，把國家珍寶、工業設施、戰略物資和科研設備，經長江、隴海鐵路和各條公路悄悄運往內地，以儲備實力，準備長期抗戰。與此同時，中央研究院各研究所也開始向長沙與南昌一帶遷徙。
遷移工作異常艱難，因為機構中存有大量珍貴的文獻資料，稍有不慎，就可能造成資料的遺失或損壞，帶來不可估量的損失，所以用箱子裝載是非常重要的。但是當時正值戰亂，工廠停工，工人逃難，想要找到上千個箱子實在困難。傅斯年騎著自行車，跑遍了整個北京城，才終於找到了一家願意為他們製造箱子的家具廠。
箱子有著落了，傅斯年又馬不停蹄地申請經費，聯係運輸用的車廂。連續的奔波讓他的健康亮起了紅燈，血壓一直居高不下。對此他毫不在意，還是將所有的精力都放在工作上，對於傅斯年而言，那些珍貴的資料和器材遠比健康更重要。