經過明爭暗鬥，朱家驊當上中央研究院的代理院長，不久後傅斯年就辭掉中央研究院幹事的職位返回李莊。辭職的原因不是對朱家驊不滿，而是因為他的健康亮起了紅燈。
別看傅斯年高大魁梧，其實他的體質並不健壯，早在求學期間就常常生病，到了抗戰時期，因為工作的原因，他的體質變得更差了。
史語所頻繁遷徙，每次遷移從選址、運輸、到解決工作人員的供給，傅斯年每件事都要親力親為。再加上組織學術研究，處理中央研究院繁瑣的日常事務，傅斯年幾乎忙得腳不沾地。
在此期間，他也開始參與政治，先是參加了國民黨政府的“國防參議會”，後又兼任“國民參政會參政員”，據統計，僅1941年年初，50天的時間裏，傅斯年就參加了5個會議，其中最長的會議長達10天。
高強度的工作導致身體透支，這一年的三月下旬，傅斯年因為長時間眼睛疼痛就入院檢查，結果發現血壓高到200，而且左眼毛細血管破裂，情況非常危急，所以隻能住院治療。等到九月份，傅斯年病情稍稍好轉時，母親卻突然病逝了。
因為父親早逝，是母親含辛茹苦地將傅斯年撫養成人，所以傅斯年對母親百依百順，他此生唯一反抗過母親的事情就是離婚。
傅斯年十六歲在天津讀中學時，由母親做主，把聊城縣紳士丁理臣之女丁馥萃姑娘一頂花轎抬到家中拜堂成親。年輕的丁姑娘略通文墨，號稱聊城第一美女兼才女，但由於生活在商人之家，處世態度和生活方式與出自書香門第的傅斯年反差極大，二人一經接觸，就搞得傅斯年腳輕頭大，心中頗為不快。
因為母命難違，傅斯年隻好像胡適與魯迅等人一樣聽之任之。但隨著年齡的增長和西式教育的熏陶，傅斯年對自己的婚姻越來越不滿意，他在抨擊此類家庭時，對傳統的“父母之命，媒妁之言”的婚姻形式深惡痛絕。