就在傅斯年下定決心奔赴台灣的時候，忽然又聽到一個噩耗，蔣介石給胡適安了一個“總統資政”的頭銜，要求他前往美國，為政府做些麵子工程。
胡適在經過一番心靈煎熬後，決定服從這一委派，這就意味著他和傅斯年從此就要分道揚鑣，天涯海角再難相見，這對傅斯年而言無疑又是一個極其重大的打擊。
傅斯年感覺自己失去了一根龐大的精神支柱，心情更加淒涼與慌亂，不知該何去何從。當接到陳誠從台灣發來的電報後，他將自己關在房間裏三天三夜，不住地繞室踱步，對腳下的故土越發生出一股難舍難離之情。他反複吟詠、書寫著宋代著名忠烈辛棄疾的《別茂嘉十二弟》，以此來抒發自己的憂鬱和傷痛：
將軍百戰身名裂，向河梁，回頭萬裏，故人長絕。易水蕭蕭西風冷，滿座衣冠似雪。正壯士，悲歌未徹。啼鳥還知如許恨，料不啼，清淚長啼血。誰共我，醉明月？
正值壯年的傅斯年非常清楚，在陣陣悲歌聲中，已經沒有多少人能與他共醉明月了。
1949年1月9日，被共產黨部隊圍困在徐蚌戰場長達66個日夜的國民黨軍隊，激戰後全麵潰敗。
當國民黨戰敗的消息傳來時，傅斯年去意已決，決定搭乘軍用飛機奔赴台灣。
這天淩晨，在慘淡的星光照耀下，傅斯年帶著夫人走出了史語所大院中的家門，胡適與傅氏夫婦在前，秘書那廉君殿後，一行人在漆黑寒冷的夜色中悄無聲息地走著，沒有人說話。因為千言萬語已經說盡，最後要道的“珍重”又遲遲不能開口。
當那扇寬大厚重的朱紅色大門緩緩推開時，陰沉的夜色中，守門的老工友接過傅斯年手中的行李，嗚咽著道：“傅先生，今日一別，還能相見嗎？”
傅斯年聽罷，滾燙的熱淚“唰”地湧出眼眶，順著冰涼的麵頰淌過嘴角，又點點滴滴地隨著夜風四散飄零。