傅斯年在台灣大學的改革使一部分人為之叫好歡呼的同時，也觸及了許多人的利益，令這些人極為不快和惱怒。當時台大師生及其反對國民黨腐敗無能、以權謀私等令人激憤的醜行，學潮一浪高過一浪，而傅斯年的對立麵則借學潮運動趁機發難，有國民黨政客在報紙上發表致傅斯年的公開信，指責台灣大學優容共產黨，並指名道姓地說法學院院長薩孟武“參共親共”，某某院長、係主任是“共產黨分子或參共分子，他們把持院係，排除異己”，把各院係變成培植親共勢力的溫床等。
其實，傅斯年對台大師生特別是台灣土著反蔣倒蔣活動一直深惡痛絕，對學生中有真憑實據的共產黨人亦不寬容，每有發現均嚴懲不貸，其態度與他處理西南聯大學潮時並無二致。
當時國共之戰進入白熱化，在社會各階層極端混亂的情形下，有些學潮的發生可能有中共人員或職業學生暗中鼓動，有的或許是由其他一般事件引起的，因而當局與學校甄別起來極為困難。
史語所研究員芮逸夫，曾在致傅斯年的密信中說：“赤色學生的問題，確實需要特別注意。政府秘書長浦逖生對台大的看法，就是先求安定，再圖發展。”
當傅斯年接管台大後，大體是按照浦逖生的路數走了下來，隻是具體行動過程中的場麵，要比浦逖生想象的激烈、驚悚、動人得多，而台大甚至整個台灣社會得以安靜的時間也比預期短得多。當然，這個結果首先取決於軍事上的保證。
對此，王世傑於傅斯年去世後很有感觸地回憶說：1949年，大陸撤守，國民黨政府遷移台灣，一時人心惶惶，都以為國民黨政府的戰鬥力已失，沒有希望了！當時從台北到新竹，甚至有反對蔣先生的標語出現，而“國防部”的次長，居然是一個“匪諜”。在此危急之秋，國民黨政府能在台灣站穩腳跟，有兩個重大事件不可不提。一是國民黨軍在金門前線古寧頭之戰和舟山群島登步島之戰，雙雙告捷，解放軍進攻勢頭被遏製，台灣軍事情勢乃得以穩定。這個穩定也令國民黨軍付出了傷亡慘重的代價。“當舟山的情勢十分危急之時，麵對共軍即將大舉進攻，當地軍事指揮官於夜間電話請示，稱在眾寡懸殊，彈藥不繼，情勢極端不利的情況下，國軍將何以自處？究竟是抵抗還是不抵抗？”當時任國民黨東南軍政長官的陳誠憤然表示：“我們現在還有什麽問的！還有什麽選擇！就隻剩下台灣一省和東南沿海的幾個小島，而這些小島正是台灣的屏障，倘若再守不住，通通完了，退此一步，就會死無葬身之地！還說什麽抵抗不抵抗！”他拿起電話就說：“你們給我打至最後一人！如果有不聽命令的，就軍法處置！”國民黨軍在哀兵的情況下，在步登島打了一場大勝仗，這一仗與古寧頭之役，解除了台灣被圍的軍事危機。第二是在後方即台灣島上，“由於左派共黨學生滲透到各學校，鼓動風潮，造成社會不安。在金門和舟山兩次軍事勝利之後，陳辭修將軍就采取行動，清除這些製造風潮的左派分子，他得到傅斯年的充分合作，從各學校搜捕了一千多名共黨學生，用船遣往大陸。這些壞分子一去，台灣內部社會乃趨於安定。”