在貫徹和施行“通識教育”的同時，梅貽琦在教務改革中遇到了另一個問題，便是“黨化教育”。
所謂“黨化教育”，肇始於1928年5月，即國民黨政府定都南京後召開的第一次全國教育會議，決定采取“三民主義的教育宗旨”予以辦學。
羅家倫長校後，以北伐的“革命精神”在清華大力貫徹實施，並按自己的喜好大加發揮，結果遭到驅逐。後來，隨著教育界亂象叢生，國民黨高層又召開了幾次會議，對教育實施的具體方針進行了修訂，但仍以三民主義為根本指導原則，而這個原則主要是按蔣介石的教育思想和意旨製定。
梅貽琦執掌清華後，表麵上擁護和遵守這個教育宗旨，實際上卻采取蔡元培執掌北大時“學術自由、兼容並包”的指導思想，統籌兼顧，領袖群倫。
回顧自己幾十年的風雨曆程，梅貽琦已深切感受到新文化、新思想，皆產生於民主、自由的空氣和獨立的精神創造中。無論是北大還是清華，唯有保持民主和學術自由的空氣，才可能產生不拘一格的言論和思想，創造的機緣與成就才得以凸現。
近代以來，每當政治風浪波及校園，學術自由便被擠兌得退避三舍，而每次風浪過後的反思檢討，又會發覺這一理想的正確與可貴。
1945年11月5日晚，梅貽琦與聞一多、曾昭掄、吳晗、潘光旦、傅斯年、楊振聲等人，在敘談政局與校局問題的困惑迷局之後，梅貽琦在日記中寫下了他所堅持的政治理想與辦學方針：“我對政治沒有深入研究，對於共產主義也沒有大認識，但頗感懷疑。對於校局，則以為應追隨蔡孑民先生兼容並包的態度，以能夠最大限度地去完成學術自由的使命。無論昔日之所謂新舊，還是今日之所謂左右，在學校都應給予自由探討的機會。”
這個指導思想與治校原則，成為梅貽琦一生爭持的信念和主旋律，也是清華大學光榮曆史最為閃光的組成部分。如果沒有這一點，清華的光榮將遜色許多。